本发明属于生物信息学,具体涉及抑郁症生物标志物发现装置及存储介质。
背景技术:
1、抑郁症(depression)是一种常见的精神障碍,严重危害人类的身心健康。近年来组学技术发展突飞猛进,目前抑郁症相关组学数据量较多,但专门存储及整合抑郁症组学数据的资源却很少。各组学数据库中的数据存储格式及标准不同,导致针对抑郁症这一疾病的相关信息存在不一致的情况,同时由于各平台数据分布分散,研究人员在研究这一疾病领域时,通过不同平台检索、获取和下载数据无疑会浪费大量时间和精力,不利于抑郁相关生物标志物的发现及挖掘。
2、另外,组学相关分析工具比较分散和独立,缺少一种能够整合多组学数据和标准化在线分析工具的抑郁症专病多组学数据整合分析平台。研究人员需搭建专门的流程进行生信分析,严重影响工作效率,限制了从不同角度和层次对抑郁症潜在生物标志物挖掘,及对发病机制的探索研究。针对以上问题,有必要提出进一步解决方案,构建抑郁症专病组学数据整合及生物标志物发现装置,能获取更多有效的信息,用于疾病及治疗相关生物标志物的挖掘,对抑郁症及相关神经精神类疾病研究有重大意义。
技术实现思路
1、本发明的一个目的是解决至少上述问题和/或缺陷,并提供至少后面将说明的优点。
2、本发明的目的是通过统一的框架为抑郁症疾病领域提供高度集成的生物标志物发现装置,提供用于抑郁症疾病或治疗相关的生物标志物的筛选及发现的潜在用途。
3、本发明涉及一种抑郁症基因组、转录组、表观遗传组等水平的生物标志物发现装置及存储介质的构建。
4、本发明还有一个目的是提供一种抑郁症生物标志物发现装置及存储介质。
5、为此,本发明提供的技术方案为:
6、抑郁症生物标志物发现装置,包括:
7、交互模块,其用于接收用户输入的抑郁症相关的数据分析需求;
8、生物标志物发现模块,其包括抑郁症相关的转录组学数据库模块、单细胞/单核转录组学数据库模块、表观基因组学数据库模块和基因组学数据库模块,用于满足所述数据分析需求;
9、处理模块,用于根据所述交互模块接收的数据分析需求从所述生物标志物发现模块中获取的转录组学、单细胞/单核转录组学、表观基因组学和/或基因组学水平的差异基因表达情况的结果及数据输出,以寻找抑郁症相关生物标志物。
10、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置,还包括:
11、展示模块,其用于展示所述处理模块的结果及数据输出;
12、下载导出模块,其允许用户下载所述展示模块的展示内容。
13、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置中,所述转录组学数据库模块的分析内容包括转录组学水平的差异表达分析、主成分分析和共表达分析。
14、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置中,所述单细胞/单核转录组数据库模块的分析内容包括单细胞/单核转录组水平的细胞聚类结果、标记基因差异表达结果。
15、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置中,所述表观基因组数据库模块的分析内容包括表观基因组水平的差异表达分析、主成分分析。
16、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置中,所述基因组数据库模块根据基因名称、变异位点、表型或文献进行知识库检索,检索结果给出所有与抑郁症疾病或治疗相关的基因或变异位点以及证据来源;
17、其中,基因组水平的生物标志物展示的内容包括基因名称、英文全称、中文名称、基因组位置、相关变异位点、基因排名、相关性得分和发表文章。
18、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置中,所述交互模块设置的抑郁症相关词条的类型包括:抑郁症动物模型类型、抗抑郁药物类型和人类不同脑区组学数据类型,所述抑郁症相关词条根据包含物种、疾病类型、动物模型类型、样本组织来源、治疗情况、组学数据类型、检测方法、样本量的多个不同角度设置。
19、优选的是,所述的抑郁症生物标志物发现装置中,所述抑郁症生物标志物发现装置基于网页展示。
20、利用所述的抑郁症生物标志物发现装置寻找抑郁症相关生物标志物的方法,包括:
21、在交互模块输入的抑郁症相关的数据分析需求;
22、在展示模块展示处理模块根据所述交互模块接收的数据分析需求从所述生物标志物发现模块中获取的转录组学、单细胞/单核转录组学、表观基因组学和/或基因组学水平的差异基因表达情况的结果及数据输出。
23、一种存储介质,其上存储有计算机程序,该程序被处理器执行时,实现所述的方法。
24、本发明至少包括以下有益效果:
25、通过本发明的装置,用户可以非常直观和便捷地对抑郁症疾病或治疗相关的候选基因进行分组、标准化分析和功能注释,进而发现抑郁症疾病或治疗相关的生物标志物,为抑郁症领域的转化研究提供易获取的工具,进而为神经精神类疾病的研究及转化提供更多数据和平台。
26、本发明的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现,部分还将通过对本发明的研究和实践而为本领域的技术人员所理解。
1.抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,包括:
2.如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,还包括:
3.如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,所述转录组学数据库模块的分析内容包括转录组学水平的差异表达分析、主成分分析和共表达分析。
4.如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,所述单细胞/单核转录组数据库模块的分析内容包括单细胞转录组水平的细胞聚类结果、标记基因差异表达结果。
5.如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,所述表观基因组数据库模块的分析内容包括表观基因组水平的差异表达分析、主成分分析。
6.如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,所述基因组数据库模块根据基因名称、变异位点、表型或文献进行知识库检索,检索结果给出所有与抑郁症疾病或治疗相关的基因或变异位点以及证据来源;
7.如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,所述交互模块设置的抑郁症相关词条的类型包括:抑郁症动物模型类型、抗抑郁药物类型和人类不同脑区组学数据类型,所述抑郁症相关词条根据物种、疾病类型、动物模型类型、样本组织来源、治疗情况、组学数据类型、检测方法、样本量的多个不同角度设置。
8.如权利要求7所述的抑郁症生物标志物发现装置,其特征在于,所述抑郁症生物标志物发现装置基于网页展示。
9.利用如权利要求1所述的抑郁症生物标志物发现装置寻找抑郁症相关生物标志物的方法,其特征在于,包括:
10.一种存储介质,其上存储有计算机程序,其特征在于,该程序被处理器执行时,实现权利要求9中所述的方法。
