本技术总体上涉及生物标志物的检测和一种评价用于在生物标志物发现或在受试者的医学评价(如诊断测定)中使用的样品或样品集合的质量或适用性的方法。
背景技术:
1、血液含有各种细胞和体液系统,用于对损伤或外来和传染因子作出反应。小的挑战可诱发先天免疫系统(补体系统和诸如巨噬细胞的细胞)释放信号和酶,导致血小板激活并触发血液凝固。这些信号令人感兴趣,因为它们可以直接参与防御和修复系统并充当疾病的标志物。然而,这种过程信号也可能对血液样品制备或处理的效应有反应。如果样品中的细胞裂解、如果血小板脱颗粒或者如果补体系统被激活,则样品被收集后可能在样品中发生分析物浓度的变化,并且“高保真度”测量技术可检测到所述变化。仅仅将血液暴露于空气就可导致这些机制的意外激活。因此,改变样品处理步骤的时间可改变血清或血浆的表观组成,使得生理信息被在收集和处理期间赋予样品的分析前变异性掩蔽。这些过程和蛋白质对样品处理中的细微变化的敏感性可损害它们作为生物标志物的用途。
2、目前,多变量生物学的研究人员关注分析前样品变化(通常称为“批次效应”)。可确定样品质量的程度在很大程度上限于视觉上明显的变化,如红色指示红细胞裂解,并且浑浊指示高脂质或其他污染物。这些相对粗糙的方法限制了除了最困难和最稳健的蛋白质测量之外的所有蛋白质测量的可靠性。ostroff,r.等人(2010)j.proteomics73:649-666记录了血清和血浆制备中的变化的一些复杂和非线性效应。
3、需要特定的技术来确定是否符合样品处理方案,以监测合规性、拒绝低质量样品和/或对所关注的分析物进行校正。此类技术将改进对生物标志物研究、临床诊断应用、生物库和药物开发中所用的人或动物血液样品的质量的评价。
技术实现思路
1、本技术包括用于评估样品质量的生物标志物、方法、试剂、装置、系统和试剂盒。本技术的生物标志物是使用受样品处理方案的变化影响的特定蛋白质集合的测量值的线性回归来鉴定的。在一些实施方案中,生物标志物组包含对样品处理敏感的蛋白质。
2、在一些实施方案中,所述方法包括使用本文所述的基于多重慢解离率适体的测定来检测生物标志物,例如用于评估样品质量。在一些实施方案中,样品是血液样品、血浆样品、血清样品或尿液样品。在一些实施方案中,样品是血浆样品或血清样品。
3、在一些实施方案中,预测或估计一个或多个样品处理步骤之间的时间(小时)。在一些实施方案中,样品处理步骤包括样品离心、倾析或抽吸经离心上清液、以及冷冻倾析或抽吸的样品中的一个或多个。
4、在一些实施方案中,提供了评估从受试者收集的样品的质量的方法,所述方法包括检测所述样品中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a,其中所述样品是血清样品。
5、在一些实施方案中,方法包括测量来自受试者的血清样品中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a;以及基于所述n种生物标志物蛋白的水平将所述样品鉴定为分析样品或阴性样品,其中所述分析样品是适合用于以下中的一项或多项中的样品:蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法,并且所述阴性样品是不适合用作分析样品的样品。
6、在一些实施方案中,方法包括使来自受试者的血清样品与一组捕获试剂接触,其中每种捕获试剂对n种生物标志物蛋白中的不同生物标志物蛋白具有亲和力,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a;以及用所述一组捕获试剂测量n种生物标志物蛋白中的每一者的水平。
7、在一些实施方案中,提供了用于比较从多个受试者收集的多个样品的方法,所述方法包括检测所述多个样品中的每一个中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a,其中所述样品是血清样品。在一些实施方案中,所述方法包括a)确定样品离心到倾析或抽吸之间所经过的近似时间,以及b)比较所述多个样品中的每一个的所确定的近似时间。在一些实施方案中,所述方法包括将所述多个样品鉴定为一致处理的或不一致处理的,其中一致处理的样品都具有彼此在0、0.5、1、2或3小时内的样品离心到倾析或抽吸之间的确定的近似时间。在一些实施方案中,确定是基于将n种生物标志物蛋白的检测水平与参考水平进行比较,其中所述参考水平是处理时间四舍五入至零或接近零的样品中存在的所述n种生物标志物蛋白的平均水平。在一些实施方案中,与参考水平相比的n种生物标志物蛋白的检测水平指示从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时;或者其中在线性回归模型中使用的所述n种生物标志物蛋白的水平预测从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。在一些实施方案中,所述确定是基于具有至少0.600、至少0.650、至少0.700、至少0.750、至少0.800、至少0.850、至少0.900或至少0.950的r2值的n种生物标志物蛋白的组。
8、在一些实施方案中,所述方法包括对多个样品进行蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法。在一些实施方案中,所述方法包括基于多个样品中的每一个的确定的近似时间来修改蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法中的生物标志物蛋白的组;或将所述样品中的一种或多种蛋白质鉴定为受从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间影响;或将所述样品中的一种或多种蛋白质的水平鉴定为受从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间影响;或基于预测的从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间改变诊断、预后或健康评估相关测试中使用的蛋白质;基于所述预测的从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间去除诊断、预后或健康评估相关测试中使用的蛋白质。在一些实施方案中,所述生物标志物蛋白的组的测量的生物标志物蛋白的数量减少。在一些实施方案中,确定措施符合临床试验样品收集和处理方案。在一些实施方案中,在多于一个样品收集部位收集多个样品。在一些实施方案中,将来自第一样品收集部位的多个样品与来自第二样品收集部位的多个样品进行比较。在一些实施方案中,可以基于样品离心到倾析或抽吸之间所经过的近似时间来去除多个样品中的一个或多个。
9、在一些实施方案中,提供了方法,所述方法包括检测样品中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。在一些实施方案中,样品是血清样品,并且在一些实施方案中,样品是人血清样品。在一些实施方案中,从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是用n种生物标志物中的每一者的水平来确定。在一些实施方案中,所确定的从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。在一些实施方案中,所确定的近似时间来源于统计模型中n种生物标志物蛋白中的每一者的水平的输入。在一些实施方案中,统计模型是线性回归模型。
10、在一些实施方案中,提供了方法,所述方法包括检测样品中的至少1、2、3、4或5种蛋白质的水平,其中蛋白质选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。在一些实施方案中,样品是血清样品,并且在一些实施方案中,样品是人血清样品。在一些实施方案中,从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是用至少1、2、3、4或5种蛋白质的水平来确定。在一些实施方案中,所确定的从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。在一些实施方案中,所确定的近似时间来源于统计模型中至少1、2、3、4或5种蛋白质的水平的输入。在一些实施方案中,统计模型是线性回归模型。在一些实施方案中,所述方法还包括修改蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法中的蛋白质的组;将所述样品中的一种或多种蛋白质鉴定为受影响;将所述样品中的一种或多种蛋白质的水平鉴定为受影响;改变诊断、预后或健康评估相关测试中使用的蛋白质;或去除诊断、预后或健康评估相关测试中使用的一种或多种蛋白质,各自基于线性回归模型的结果。
11、在一些实施方案中,在检测之前将样品离心并倾析或抽吸。在一些这样的实施方案中,所述方法包括确定从离心完成的时间直到将样品倾析或抽吸的时间所经过的近似持续时间。
12、在一些实施方案中,评估从受试者收集的样品的质量的方法包括检测n种生物标志物蛋白,其中所述n种生物标志物蛋白中的一者或多者与从离心到倾析或抽吸适当样品类型的时间相关。
13、在一些实施方案中,n是1,n是2,n是3,n是4,或者n是5。在实施方案中,测量另外的生物标志物,并且n是6,n是7,或者n是8,n是9,n是10,n是11,n是12,n是13,n是14,n是15,n是16,n是17,n是18,n是19,或者n是20或更大。
14、在一些实施方案中,受试者是人受试者,并且样品是血清样品。在一些实施方案中,样品是从全血样品获得的血清样品。在一些实施方案中,通过本文的方法确定的样品处理步骤之间的近似持续时间是0、0.5、1、1.5、3、3.5、6、9或24小时,或大于24小时。在一些实施方案中,所述方法是在体外执行。在一些实施方案中,所述近似持续时间来源于统计模型中n种生物标志物蛋白中的每一者的水平的输入。在一些实施方案中,统计模型是线性回归模型。
15、在一些实施方案中,样品被鉴定为通过质量评估或未通过质量评估。在一些这样的实施方案中,鉴定至少部分地基于样品中的n种生物标志物蛋白的检测水平。在一些实施方案中,鉴定至少部分地基于所确定的两个或更多个样品处理步骤之间的一个或多个近似持续时间。在一些实施方案中,如果样品被鉴定为通过质量评估,则所述样品进行进一步分析,或者如果样品被鉴定为未通过质量评估,则丢弃所述样品。
16、在一些实施方案中,本文提供了评估多个样品的质量的方法,所述方法包括检测来自多个受试者的多个样品中的n种生物标志物中的每一者的水平。在一些这样的实施方案中,确定两个或更多个样品处理步骤之间的近似持续时间,并且在多个样品之间进行比较。在一些这样的实施方案中,确定多个样品之间的样品处理的一致性。
17、在一些实施方案中,所述方法包括使来自受试者的样品的生物标志物蛋白与一组捕获试剂接触,其中所述一组捕获试剂中的每种捕获试剂特异性结合至正被检测的一种生物标志物蛋白。在一些实施方案中,所述方法包括使来自受试者的样品的生物标志物蛋白与一组捕获试剂接触,其中所述一组捕获试剂中的每种捕获试剂特异性结合至正被检测的不同的生物标志物蛋白。在一些实施方案中,每种捕获试剂是抗体或适体。在一些实施方案中,每种生物标志物捕获试剂是适体。在一些实施方案中,至少一种适体是慢解离率适体。在一些实施方案中,至少一种慢解离率适体包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个或至少10个具有修饰的核苷酸。在一些实施方案中,每种慢解离率适体以≥30分钟、≥60分钟、≥90分钟、≥120分钟、≥150分钟、≥180分钟、≥210分钟或≥240分钟的解离率(t1/2)结合至其靶蛋白。
18、在一些实施方案中,提供了一种试剂盒,所述试剂盒包含n种生物标志物蛋白捕获试剂,其中n是至少1,并且所述捕获试剂中的至少1种结合至mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。在一些实施方案中,每种捕获试剂结合至不同的生物标志物蛋白。在一些实施方案中,n是1,n是2,n是3,n是4,n是5,n是6,n是7,n是8,n是9,n是10,n是11,n是12,n是13,n是14,n是15,n是16,n是17,n是18,n是19,或者n是20。在一些实施方案中,试剂盒包含来自多个样品处理组的捕获试剂。
19、在一些实施方案中,n种生物标志物蛋白捕获试剂中的每一者特异性结合至选自表1的生物标志物蛋白。在一些实施方案中,n种生物标志物捕获试剂中的每一者是抗体或适体。在一些实施方案中,每种生物标志物捕获试剂是适体。在一些实施方案中,至少一种适体是慢解离率适体。在一些实施方案中,至少一种慢解离率适体包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个或至少10个具有修饰的核苷酸。在一些实施方案中,每种慢解离率适体以≥30分钟、≥60分钟、≥90分钟、≥120分钟、≥150分钟、≥180分钟、≥210分钟或≥240分钟的解离率(t1/2)结合至其靶蛋白。在一些实施方案中,试剂盒用于检测来自受试者的样品中的n种生物标志物蛋白。在一些实施方案中,试剂盒用于评估样品或多个样品的质量。
1.一种评估从受试者收集的样品的质量的方法,所述方法包括检测所述样品中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a,其中所述样品是血清样品。
2.一种方法,所述方法包括:
3.一种方法,所述方法包括:
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是mcp-3和丛生蛋白。
5.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是mcp-3和dhi1。
6.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是mcp-3和ric8a。
7.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是ic3b和丛生蛋白。
8.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是ic3b和dhi1。
9.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是ic3b和ric8a。
10.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是丛生蛋白和dhi1。
11.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是丛生蛋白和ric8a。
12.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是dhi1和ric8a。
13.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、ic3b和丛生蛋白。
14.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、ic3b和dhi1。
15.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、ic3b和ric8a。
16.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、丛生蛋白和dhi1。
17.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、丛生蛋白和ric8a。
18.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、dhi1和ric8a。
19.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是ic3b、丛生蛋白和dhi1。
20.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是ic3b、丛生蛋白和ric8a。
21.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是ic3b、dhi1和ric8a。
22.如权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是丛生蛋白、dhi1和ric8a。
23.如权利要求1-22中任一项所述的方法,其中n是4,或者n是5。
24.如权利要求23所述的方法,其中所有所述n种生物标志物蛋白选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法,其中所述受试者是人受试者。
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法,其中在所述检测之前处理所述样品,其中所述处理包括离心和倾析或抽吸所得上清液,并且在所述上清液中进行所述检测。
27.如权利要求1-26中任一项所述的方法,其中在所述样品收集之后和在所述检测之前对所述样品进行处理、冷冻和解冻。
28.如权利要求26或27所述的方法,所述方法包括确定从离心完成的时间直到倾析或抽吸所述样品的时间所经过的近似持续时间。
29.如权利要求28所述的方法,其中所述确定是基于将所述n种生物标志物蛋白的检测水平与参考水平进行比较,其中所述参考水平是处理时间四舍五入至零或接近零的样品中存在的所述n种生物标志物蛋白的平均水平。
30.如权利要求29所述的方法,其中与所述参考水平相比的所述n种生物标志物蛋白的所述检测水平指示从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。
31.如权利要求28-30中任一项所述的方法,其中所述确定是基于具有至少0.600、至少0.650、至少0.700、至少0.750、至少0.800、至少0.850、至少0.900或至少0.950的r2值的n种生物标志物蛋白的组。
32.如权利要求28-31中任一项所述的方法,所述方法包括对所述样品进行蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法。
33.如权利要求1-32中任一项所述的方法,所述方法包括将所述样品鉴定为通过质量评估或未通过质量评估。
34.如权利要求33所述的方法,其中所述鉴定至少部分地基于所述n种生物标志物蛋白的所述检测水平。
35.如权利要求33或34所述的方法,其中如果从样品离心到倾析或抽吸所经过的所述近似时间被确定为0小时、小于0.5小时、小于1小时、小于1.5小时、小于3小时、小于6小时或小于24小时,则所述样品被鉴定为通过质量评估。
36.如权利要求34或35所述的方法,其中如果从样品离心到倾析或抽吸所经过的所述近似时间被确定为0小时、小于0.5小时或小于1小时,则所述样品被鉴定为通过质量评估。
37.如权利要求34或35所述的方法,其中如果从样品离心到倾析或抽吸所经过的所述近似时间被确定为大于0.5小时、大于1小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时或大于24小时,则所述样品被鉴定为未通过质量评估。
38.如权利要求33-37中任一项所述的方法,所述方法包括a)如果所述样品被鉴定为通过所述质量评估,则对所述样品进行进一步分析;或者b)如果所述样品被鉴定为未通过所述质量评估,则丢弃所述样品。
39.如权利要求1-38中任一项所述的方法,所述方法包括检测来自多个受试者的多个样品中的n种生物标志物中的每一者的水平。
40.一种用于比较从多个受试者收集的多个样品的方法,所述方法包括检测所述多个样品中的每一个中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a,其中所述样品是血清样品。
41.如权利要求40所述的方法,所述方法包括a)确定样品离心到倾析或抽吸之间所经过的近似时间,以及b)比较所述多个样品中的每一个的所确定的近似时间。
42.如权利要求40或41所述的方法,所述方法包括将所述多个样品鉴定为一致处理的或不一致处理的,其中一致处理的样品都具有彼此在0、0.5、1、2或3小时内的样品离心到倾析或抽吸之间的确定的近似时间。
43.如权利要求40-42中任一项所述的方法,其中所述确定是基于将所述n种生物标志物蛋白中的每一者的检测水平与参考水平进行比较,其中所述参考水平是处理时间四舍五入至零或接近零的样品中存在的所述n种生物标志物蛋白的平均水平。
44.如权利要求40-43中任一项所述的方法,其中与所述参考水平相比的所述n种生物标志物蛋白中的每一者的所述检测水平指示从样品离心到倾析或抽吸所经过的所述近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时;或者其中在线性回归模型中使用的所述n种生物标志物蛋白中的每一者的所述水平预测从样品离心到倾析或抽吸所经过的所述近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。
45.如权利要求40-44中任一项所述的方法,其中所述确定是基于具有至少0.600、至少0.650、至少0.700、至少0.750、至少0.800、至少0.850、至少0.900或至少0.950的r2值的n种生物标志物蛋白的组。
46.如权利要求40-45中任一项所述的方法,所述方法包括对所述多个样品进行蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法。
47.如权利要求40-46中任一项所述的方法,所述方法包括基于所述多个样品中的每一个的所述确定的近似时间来修改蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法中的生物标志物蛋白的组;或将所述样品中的一种或多种蛋白质鉴定为受从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间影响;或将所述样品中的一种或多种蛋白质的水平鉴定为受从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间影响;或基于预测的从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间改变诊断、预后或健康评估相关测试中使用的蛋白质;基于所述预测的从样品离心到倾析或抽吸所经过的时间去除诊断、预后或健康评估相关测试中使用的蛋白质。
48.如权利要求47所述的方法,其中所述生物标志物蛋白的组的测量的生物标志物蛋白的数量减少。
49.如权利要求40-48中任一项所述的方法,其中所述确定措施符合临床试验样品收集和处理方案。
50.如权利要求40-49中任一项所述的方法,其中所述多个样品是在多于一个样品收集部位收集的。
51.如权利要求50所述的方法,其中将来自第一样品收集部位的多个样品与来自第二样品收集部位的第二多个样品进行比较。
52.如权利要求40-51中任一项所述的方法,其中可以基于样品离心到倾析或抽吸之间所经过的所述近似时间来去除所述多个样品中的一个或多个。
53.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是mcp-3和丛生蛋白。
54.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是mcp-3和dhi1。
55.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是mcp-3和ric8a。
56.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是ic3b和丛生蛋白。
57.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是ic3b和dhi1。
58.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是ic3b和ric8a。
59.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是丛生蛋白和dhi1。
60.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是丛生蛋白和ric8a。
61.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的2种是dhi1和ric8a。
62.如权利要求40至-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、ic3b和丛生蛋白。
63.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、ic3b和dhi1。
64.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、ic3b和ric8a。
65.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、丛生蛋白和dhi1。
66.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、丛生蛋白和ric8a。
67.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是mcp-3、dhi1和ric8a。
68.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是ic3b、丛生蛋白和dhi1。
69.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是ic3b、丛生蛋白和ric8a。
70.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是ic3b、dhi1和ric8a。
71.如权利要求40-52中任一项所述的方法,其中所述n种生物标志物蛋白中的3种是丛生蛋白、dhi1和ric8a。
72.如权利要求40-71中任一项所述的方法,其中n是4,或者n是5。
73.如权利要求72所述的方法,其中所有所述n种生物标志物蛋白选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。
74.如权利要求40-73中任一项所述的方法,其中所述受试者是人受试者。
75.如权利要求40-74中任一项所述的方法,其中在所述检测之前处理所述样品,其中所述处理包括离心和倾析或抽吸所得上清液,并且在所述上清液中进行所述检测。
76.如权利要求40-75中任一项所述的方法,其中在所述样品收集之后和在所述检测之前对所述样品进行处理、冷冻和解冻。
77.如权利要求1-76中任一项所述的方法,其中所述检测包括进行质谱法、基于适体的测定和/或基于抗体的测定。
78.如权利要求1-77中任一项所述的方法,其中所述方法包括使来自所述受试者的所述样品的生物标志物蛋白与一组捕获试剂接触,其中所述一组捕获试剂中的每种捕获试剂特异性结合至正被检测的一种生物标志物蛋白。
79.如权利要求78所述的方法,其中每种所述捕获试剂特异性结合至正被检测的不同的生物标志物蛋白。
80.如权利要求78或79所述的方法,其中每种捕获试剂是抗体或适体。
81.如权利要求80所述的方法,其中每种捕获试剂是适体。
82.如权利要求81所述的方法,其中至少一种适体是慢解离率适体。
83.如权利要求82所述的方法,其中至少一种慢解离率适体包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个或至少10个具有修饰的核苷酸。
84.如权利要求82或83所述的方法,其中每种慢解离率适体以≥30分钟、≥60分钟、≥90分钟、≥120分钟、≥150分钟、≥180分钟、≥210分钟或≥240分钟的解离率(t1/2)结合至其靶蛋白。
85.一种试剂盒,所述试剂盒包含n种生物标志物蛋白捕获试剂,其中n是至少1,并且其中所述捕获试剂中的至少1种结合至选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a的蛋白质。
86.如权利要求85所述的试剂盒,其中n是至少2,并且其中所述捕获试剂中的至少2种结合至选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a的蛋白质。
87.如权利要求85或权利要求86所述的试剂盒,其中所述捕获试剂中的每一者结合至不同的蛋白质。
88.如权利要求85所述的试剂盒,其中n是2,n是3,n是4,或者n是5。
89.如权利要求85-88中任一项所述的试剂盒,其中所述捕获试剂中的每一者是抗体或适体。
90.如权利要求89所述的试剂盒,其中每种捕获试剂是适体。
91.如权利要求90所述的试剂盒,其中至少一种适体是慢解离率适体。
92.如权利要求91所述的试剂盒,其中至少一种慢解离率适体包含至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个或至少10个具有修饰的核苷酸。
93.如权利要求91或权利要求92所述的试剂盒,其中每种慢解离率适体以≥30分钟、≥60分钟、≥90分钟、≥120分钟、≥150分钟、≥180分钟、≥210分钟或≥240分钟的解离率(t1/2)结合至其靶蛋白。
94.如权利要求85-93中任一项所述的试剂盒,所述试剂盒用于检测来自受试者的样品中的所述n种生物标志物蛋白。
95.如权利要求94所述的试剂盒,其中所述试剂盒包含来自多个样品处理组的捕获试剂。
96.如权利要求94或权利要求95所述的试剂盒,所述试剂盒用于至少部分地基于所述样品中检测到的n种生物标志物蛋白的水平来评估所述样品的质量。
97.如权利要求85-96中任一项所述的试剂盒,所述试剂盒用于确定样品离心到倾析或抽吸之间所经过的近似时间。
98.一种方法,所述方法包括检测样品中的n种生物标志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n种生物标志物蛋白中的至少1种选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。
99.如权利要求98所述的方法,其中所述样品是血清样品。
100.如权利要求99所述的方法,其中所述血清样品是人血清样品。
101.如权利要求98-100中任一项所述的方法,其中从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是用所述n种生物标志物蛋白中的每一者的所述水平来确定。
102.如权利要求101所述的方法,其中所确定的从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。
103.如权利要求101或102所述的方法,其中所述确定的近似时间来源于统计模型中n种生物标志物蛋白中的每一者的所述水平的输入。
104.如权利要求103所述的方法,其中所述统计模型是线性回归模型。
105.一种方法,所述方法包括检测样品中的至少1、2、3、4或5种蛋白质中的每一者的水平,其中所述蛋白质选自mcp-3、ic3b、丛生蛋白、dhi1和ric8a。
106.如权利要求105所述的方法,其中所述样品是血清样品。
107.如权利要求106所述的方法,其中所述血清样品是人血清样品。
108.如权利要求105-107中任一项所述的方法,其中从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是用所述至少1、2、3、4或5种蛋白质中的每一者的所述水平来确定。
109.如权利要求108所述的方法,其中所确定的从样品离心到倾析或抽吸所经过的近似时间是大于0.1小时、大于0.5小时、大于1.0小时、大于1.5小时、大于3小时、大于6小时、大于9小时或大于24小时。
110.如权利要求108或109所述的方法,其中所述确定的近似时间来源于统计模型中至少1、2、3、4或5种蛋白质中的每一者的所述水平的输入。
111.如权利要求110所述的方法,其中所述统计模型是线性回归模型。
112.如权利要求110或111所述的方法,所述方法还包括修改蛋白质生物标志物发现分析、蛋白质表达水平分析、诊断方法或预后方法中的蛋白质的组;将所述样品中的一种或多种蛋白质鉴定为受影响;将所述样品中的一种或多种蛋白质的水平鉴定为受影响;改变诊断、预后或健康评估相关测试中使用的蛋白质;或去除诊断、预后或健康评估相关测试中使用的一种或多种蛋白质,各自基于所述统计模型的结果。
