本发明涉及生物检测领域,尤其涉及引物探针组、检测产品及其应用。
背景技术:
1、猫消化道疾病,是猫常见的临床疾病,通常以肠胃道症状为特征。常见的有以下十一种病原体:猫细小病毒、猫冠状病毒、猫星状病毒、猫博卡病毒、猫查帕哈马病毒、猫库布病毒、猫诺如病毒、贾第鞭毛虫、胎儿三毛滴虫、人五毛滴虫、隐孢子虫。
2、猫细小病毒(feline panleukopeniavirus,fpv)又称猫泛白细胞减少症,猫瘟。以高烧、呕吐、腹泻和脱水为主要特征。1岁以下的猫感染率可达70%,死亡率为50%~60%,5月龄以下的幼猫死亡率最高可达80%~90%。
3、猫冠状病毒(feline coronavirus,fcov)多数猫肠道冠状病毒感染猫临床表现为无症状或轻度肠炎(精神沉郁、体温升高、食欲下降、呕吐、腹泻、肛门肿胀),少数严重者表现为脱水症状。
4、猫星状病毒(feline mamastrovirus,feastv)临床症状通常为呕吐、腹泻、厌食、脱水、发烧等。feastv国内检出率不低,且常与其他病毒混合感染导致腹泻。
5、猫博卡病毒(felinebocavirus,fbov)包括三种基因型,分别为fbov-1、fbov-2和fbov-3。临床症状通常为腹泻,还能可能与严重肠炎、出血性肠炎,与其他病毒共同感染导致腹泻,与fpv混合会加剧血性腹泻。
6、猫查帕哈马病毒(feline chaphamaparvovirus,fechpv)临床检测中最常检测到的肠道病毒。临床症状通常为呕吐、腹泻、嗜睡、食欲不振等。
7、猫库布病毒(feline kobuvirus,fekov)临床症状通常为呕吐、腹泻、嗜睡、食欲不振。
8、猫诺如病毒(feline norovirus,fnv)临床症状通常为呕吐、腹泻、嗜睡、食欲不振。
9、贾第鞭毛虫(giardia,gia)幼猫常见急、慢性腹泻,粪便苍白,恶臭,有粘液,可伴随呕吐,吸收不良;成年猫常见慢性腹泻,长期软便。
10、胎儿三毛滴虫(tritrichomonas foetus,tf)胎儿三毛滴虫通常在猫回肠、盲肠和结肠定植,引起与轻中度淋巴浆细胞或淋巴浆细胞和中性粒细胞性结肠炎相关的大肠性腹泻,慢性或间歇性腹泻,粪便呈半成型,半流质或液态,黄绿色,恶臭,粪便有时带血、粘液,里急后重。严重时会出现肛门炎症及直肠脱垂。症状好转后,停药后可能复发。
11、人五毛滴虫(pentatrichomonas hominis,ph)临床症状通常为大多数猫无临床症状,腹泻是最常见的症状。
12、隐孢子虫(cryptosporidium,cry)临床症状通常为水样腹泻、胃痉挛、腹痛、脱水、恶心、呕吐、发热、体重减轻。
13、基于市面上同类猫消化道病原体检测产品,对目前的几种检测技术进行分析比较。免疫荧光抗体检测优点是检验快速,无特殊仪器要求,致命缺点是灵敏度低。血清学检测的优点是高效省时、特异性强、灵敏度高、适合大量样品检测。而缺点是检测过程中会经常出现假阳性反应、降低检测的灵敏度、制备抗血清的时间较长且利用该方法一次只能检测一种病毒。病毒分离鉴定和粪便培养法虽然是诊断病毒感染的“金标准”,但操作繁琐,耗时长,不适合大量样品检测。
14、因此,亟需一种可以同时检测多种猫消化道病原体并且操作简单的检测产品。
技术实现思路
1、有鉴于此,本发明提供了引物探针组、检测产品及其应用。本试剂盒采用实时荧光pcr技术,设计特异性的引物探针,通过特异性的探针来检测猫消化道病原体。内标对照能够避免因样品中存在抑制物或操作失误所导致的假阴性结果。探针为包括5’端报告基团和3’端淬灭基团的寡核苷酸,在pcr扩增过程中,当探针完整时,由于淬灭基团靠近报告基团,报告基团发出的荧光被淬灭基团吸收,不发出荧光信号。引物延伸时,与模板结合的探针被taq酶(5’→3’外切核酸酶活性)切断,报告基团与淬灭基团分离,产生荧光信号。荧光定量pcr仪根据检测到的荧光信号自动绘制出实时扩增曲线,从而实现对猫消化道病原体在核酸水平上的定性检测。
2、为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:
3、本发明提供了引物组,包括:引物组1~引物组11中的一个或多个;
4、所述引物组1为用于扩增猫冠状病毒的引物组,其具有:
5、(a1)、如seq id no:1和seq id no:2所示的核苷酸序列;
6、(a2)、具有(a1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
7、(a3)、与(a1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
8、(a4)、如(a1)、(a2)或(a3)所示序列的互补序列;和/或
9、所述引物组2为用于扩增猫细小病毒的引物组,其具有:
10、(b1)、如seq id no:3和seq id no:4所示的核苷酸序列;
11、(b2)、具有(b1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
12、(b3)、与(b1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
13、(b4)、如(b1)、(b2)或(b3)所示序列的互补序列;和/或
14、所述引物组3为用于扩增猫星状病毒的引物组,其具有:
15、(c1)、如seq id no:5和seq id no:6所示的核苷酸序列;
16、(c2)、具有(c1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
17、(c3)、与(c1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
18、(c4)、如(c1)、(c2)或(c3)所示序列的互补序列;和/或
19、所述引物组4为用于扩增猫博卡病毒的引物组,其具有:
20、(d1)、如seq id no:7和seq id no:8所示的核苷酸序列;
21、(d2)、具有(d1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
22、(d3)、与(d1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
23、(d4)、如(d1)、(d2)或(d3)所示序列的互补序列;和/或
24、所述引物组5为用于扩增猫查帕哈马病毒的引物组,其具有:
25、(e1)、如seq id no:9和seq id no:10所示的核苷酸序列;
26、(e2)、具有(e1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
27、(e3)、与(e1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
28、(e4)、如(e1)、(e2)或(e3)所示序列的互补序列;和/或
29、所述引物组6为用于扩增猫库布病毒的引物组,其具有:
30、(f1)、如seq id no:11和seq id no:12所示的核苷酸序列;
31、(f2)、具有(f1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
32、(f3)、与(f1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
33、(f4)、如(f1)、(f2)或(f3)所示序列的互补序列;和/或
34、所述引物组7为用于扩增猫诺如病毒的引物组,其具有:
35、(g1)、如seq id no:13和seq id no:14所示的核苷酸序列;
36、(g2)、具有(g1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
37、(g3)、与(g1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
38、(g4)、如(g1)、(g2)或(g3)所示序列的互补序列;和/或
39、所述引物组8为用于扩增贾地鞭毛虫的引物组,其具有:
40、(h1)、如seq id no:15和seq id no:16所示的核苷酸序列;
41、(h2)、具有(h1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
42、(h3)、与(h1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
43、(h4)、如(h1)、(h2)或(h3)所示序列的互补序列;和/或
44、所述引物组9为用于扩增胎儿三毛滴虫的引物组,其具有:
45、(i1)、如seq id no:17和seq id no:18所示的核苷酸序列;
46、(i2)、具有(i1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
47、(i3)、与(i1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
48、(i4)、如(i1)、(i2)或(i3)所示序列的互补序列;和/或
49、所述引物组10为用于扩增人五毛滴虫的引物组,其具有:
50、(j1)、如seq id no:19和seq id no:20所示的核苷酸序列;
51、(j2)、具有(j1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
52、(j3)、与(j1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
53、(j4)、如(j1)、(j2)或(j3)所示序列的互补序列;和/或
54、所述引物组11为用于扩增隐孢子虫的引物组,其具有:
55、(k1)、如seq id no:21和seq id no:22所示的核苷酸序列;
56、(k2)、具有(k1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
57、(k3)、与(k1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
58、(k4)、如(k1)、(k2)或(k3)所示序列的互补序列。
59、本发明还提供了探针,包括:探针1~探针11中的一个或多个;
60、所述探针1为用于检测猫冠状病毒的探针,其具有:
61、(l1)、如seq id no:23所示的核苷酸序列;
62、(l2)、具有(l1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
63、(l3)、与(l1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
64、(l4)、如(l1)、(l2)或(l3)所示序列的互补序列;和/或
65、所述探针2为用于检测猫细小病毒的探针,其具有:
66、(m1)、如seq id no:24所示的核苷酸序列;
67、(m2)、具有(m1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
68、(m3)、与(m1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
69、(m4)、如(m1)、(m2)或(m3)所示序列的互补序列;和/或
70、所述探针3为用于检测猫星状病毒的探针,其具有:
71、(n1)、如seq id no:25所示的核苷酸序列;
72、(n2)、具有(n1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
73、(n3)、与(n1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
74、(n4)、如(n1)、(n2)或(n3)所示序列的互补序列;和/或
75、所述探针4为用于检测猫博卡病毒的探针,其具有:
76、(o1)、如seq id no:26所示的核苷酸序列;
77、(o2)、具有(o1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
78、(o3)、与(o1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
79、(o4)、如(o1)、(o2)或(o3)所示序列的互补序列;和/或
80、所述探针5为用于检测猫查帕哈马病毒的探针,其具有:
81、(p1)、如seq id no:27所示的核苷酸序列;
82、(p2)、具有(p1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
83、(p3)、与(p1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
84、(p4)、如(p1)、(p2)或(p3)所示序列的互补序列;和/或
85、所述探针6为用于检测猫库布病毒的探针,其具有:
86、(q1)、如seq id no:28所示的核苷酸序列;
87、(q2)、具有(q1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
88、(q3)、与(q1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
89、(q4)、如(q1)、(q2)或(q3)所示序列的互补序列;和/或
90、所述探针7为用于检测猫诺如病毒的探针,其具有:
91、(r1)、如seq id no:29所示的核苷酸序列;
92、(r2)、具有(r1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
93、(r3)、与(r1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
94、(r4)、如(r1)、(r2)或(r3)所示序列的互补序列;和/或
95、所述探针8为用于检测贾地鞭毛虫的探针,其具有:
96、(s1)、如seq id no:30所示的核苷酸序列;
97、(s2)、具有(s1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
98、(s3)、与(s1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
99、(s4)、如(s1)、(s2)或(s3)所示序列的互补序列;和/或
100、所述探针9为用于检测胎儿三毛滴虫的探针,其具有:
101、(t1)、如seq id no:31所示的核苷酸序列;
102、(t2)、具有(t1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
103、(t3)、与(t1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
104、(t4)、如(t1)、(t2)或(t3)所示序列的互补序列;和/或
105、所述探针10为用于检测人五毛滴虫的探针,其具有:
106、(u1)、如seq id no:32所示的核苷酸序列;
107、(u2)、具有(u1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
108、(u3)、与(u1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
109、(u4)、如(u1)、(u2)或(u3)所示序列的互补序列;和/或
110、所述探针11为用于检测隐孢子虫的探针,其具有:
111、(v1)、如seq id no:33所示的核苷酸序列;
112、(v2)、具有(v1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
113、(v3)、与(v1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
114、(v4)、如(v1)、(v2)或(v3)所示序列的互补序列。
115、在本发明的一些实施方案中,上述探针中,所述探针的5’端连接有荧光基团,3’端连接有淬灭基团。
116、在本发明的一些实施方案中,上述探针中,所述荧光基团包括:6’-fam、vic、rox、cy5、tet、jor、hex、cy3、ned、txr、tamra、texas red、sx670、cy5.5和cy7中的一种或多种。
117、在本发明的一些实施方案中,上述探针中,所述淬灭基团包括:bhq1、bhq2、tamra、bhq0、bhq3、dabcyl、mgb、sq1、sq2和sqx中的一种或多种。
118、本发明还提供了引物探针组,包括:上述引物组和上述探针。
119、在本发明的一些实施方案中,上述引物探针组,还包括:内参引物和内参探针。
120、在本发明的一些实施方案中,上述引物探针组,所述内参引物具有:
121、(w1)、如seq id no:34和seq id no:35所示的核苷酸序列;
122、(w2)、具有(w1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
123、(w3)、与(w1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
124、(w4)、如(w1)、(w2)或(w3)所示序列的互补序列;和/或
125、所述内参探针具有:
126、(x1)、如seq id no:36所示的核苷酸序列;
127、(x2)、具有(x1)所示的核苷酸序列经修饰、取代、缺失和/或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列;
128、(x3)、与(x1)所示的核苷酸序列具有至少80%同源性的序列;
129、(x4)、如(x1)、(x2)或(x3)所示序列的互补序列。
130、本发明还提供了上述引物组、上述探针、上述引物探针组在制备检测猫消化道疾病的产品中的应用。
131、在本发明的一些实施方案中,上述应用中,所述检测包括如下步骤:将所述产品与待测样品混合,出现荧光信号,样品为阳性;反之,为阴性。
132、在本发明的一些实施方案中,上述应用中,所述检测的条件为:45~55℃1~10min,循环一次;92~98℃,10s~10min,循环1次;92~98℃,2~45s,56~62℃,2s~1min,循环38~45次,其中60℃同时设置采集荧光。
133、在本发明的一些实施方案中,上述应用中,所述检测的条件为:50℃5min,循环一次;95℃,10min,循环1次;95℃,30s,60℃,1min,循环40次,其中60℃同时设置采集荧光。
134、本发明还提供了检测产品,包括:上述引物组、上述探针、上述引物探针组以及可接受的助剂、辅料和/或装置。
135、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述引物组和所述探针的终浓度为100~900nm。
136、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述引物组的终浓度为300nm;所述探针的终浓度为100nm。
137、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品还包括:扩增缓冲液、dna聚合酶、逆转录酶和udg酶中的一种或多种。
138、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述扩增缓冲液包括:10~100mm的k+、0.5~2.5mm的mg2+和1~50mm的tris缓冲液。
139、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述扩增缓冲液包括:50mm的kcl、1.5mm的mgcl2和20mm的tris缓冲液。
140、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述dna聚合酶的浓度为:0.01~0.2u/μl。
141、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述dna聚合酶的浓度为:0.1u/μl。
142、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述udg酶的浓度为:0.01~0.1u/μl。
143、在本发明的一些实施方案中,上述检测产品中,所述udg酶的浓度为:0.05u/μl。
144、本发明的有益效果包括:
145、(1)、本试剂盒能检测猫消化道十一种病原体,更能全面的对猫消化道疾病进行诊断。
146、(2)、本试剂盒从多方面因素(包括传统和新变异的基因型和血清型)等考虑设计特异性引物和探针,再经过多对引物探针组合筛选和扩增体系优化,本检测试剂盒的最低检测限5×102copies/ml。
147、(3)、本试剂盒和中加入ung酶防污染体系,降低了由于扩增产物污染导致的假阳性。pcr荧光检测全封闭操作,加入提取后的样本后无需再开管盖,从样本处理到完成荧光检测仅需120min。
148、(4)、本试剂盒采用猫内源性内参基因β-actin基因,增加了样本采集监控体系,控制由于实验操作和测量设备问题导致的假阴性结果,使得检测结果更可靠、稳定。
1.引物组,其特征在于,包括:引物组1~引物组11中的一个或多个;
2.探针,其特征在于,包括:探针1~探针11中的一个或多个;
3.引物探针组,其特征在于,包括:如权利要求1所述的引物组和如权利要求2所述的探针。
4.如权利要求3所述的引物探针组,其特征在于,还包括:内参引物和内参探针。
5.如权利要求4所述的引物探针组,其特征在于,所述内参引物具有:
6.如权利要求1所述的引物组、如权利要求2所述的探针、如权利要求3至5任一项所述的引物探针组在制备检测猫消化道疾病的产品中的应用。
7.如权利要求6所述的应用,其特征在于,所述检测包括如下步骤:将所述产品与待测样品混合,出现荧光信号,样品为阳性;反之,为阴性。
8.检测产品,其特征在于,包括:如权利要求1所述的引物组、如权利要求2所述的探针、如权利要求3至5任一项所述的引物探针组以及可接受的助剂、辅料和/或装置。
9.如权利要求8所述的检测产品,其特征在于,所述引物组和所述探针的终浓度为100~900nm。
10.如权利要求8或9所述的检测产品,其特征在于,还包括:扩增缓冲液、dna聚合酶、逆转录酶和udg酶中的一种或多种。
