本发明属于分子生物学及遗传育种,具体涉及一种与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶(pygph)的分子标记及其应用。
背景技术:
1、糖原由葡萄糖通过α-1,4-糖苷键和α-1,6-糖苷键链接形成,是生物体的重要储能物质,对于维持机体的正常生理功能至关重要。糖原磷酸化酶(glycogen phosphorylase,gph)是糖原代谢过程中的关键限速酶,其主要功能是催化糖原分解生成葡萄糖-1-磷酸,从而为机体提供能量。研究表明,糖原磷酸化酶的表达量与活性直接影响糖原的储存和利用,在调控机体糖原含量方面发挥重要作用。
2、虾夷扇贝是我国北方重要的冷水性经济贝类,其生长发育、繁殖能力和抗逆性能与机体糖原含量密切相关。较高的糖原含量能够提供更加充足的能量供应,提高扇贝应对高温、病原侵染等环境胁迫的能力。此外,糖原含量高的扇贝的肉质更嫩、口感更鲜,具备更强的市场竞争力。以虾夷扇贝糖原代谢关键酶—糖原磷酸化酶pygph为靶标,开发与糖原含量相关的分子标记,对于加快高糖原虾夷扇贝品种创制进程、提升虾夷扇贝品质、推动扇贝养殖产业高质量发展具有重要意义。
技术实现思路
1、本发明的目的之一在于提供一种与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶(pygph)的分子标记。
2、为实现上述目的,本发明采用的技术方案为:与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶(pygph)的分子标记,为单核苷酸多态性分子标记(snp标记),位于虾夷扇贝糖原磷酸化酶基因外显子区,其snp位点为seq id no:1所示虾夷扇贝糖原磷酸化酶pygph基因编码区核苷酸序列5’端起第1252个碱基,该碱基为a或c。
3、seq id no:1所示虾夷扇贝糖原磷酸化酶pygph基因编码区核苷酸序列5’端起第1252个碱基存在c>a突变。所述第1252位标记处碱基基因型为cc、aa或ca,其中高糖原基因型为1252cc。
4、本发明的目的之二在于提供用于扩增虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶分子标记的特异性引物。
5、具体地,所述特异性引物序列为:
6、pygph-f:5′-atatcggtatgaccacaatgt-3′
7、pygph-r:5′-tgtccaacttttaacaggctt-3′。
8、本发明的目的之三在于提供用于扩增虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记的试剂盒。
9、具体地,所述试剂盒包含上述特异性引物pygph-f和pygph-r。
10、本发明的目的之四在于提供与虾夷扇贝糖原合成相关的糖原磷酸化酶的分子标记的应用。具体地,涉及与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记在鉴定或辅助鉴定虾夷扇贝的糖原含量的应用;涉及与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记在辅助选育虾夷扇贝高糖原良种的应用。
11、本发明的目的之五提供一种虾夷扇贝高糖原品种的选育方法。
12、具体地,一种虾夷扇贝高糖原品种的选育方法,选取高糖原含量的虾夷扇贝作为亲本进行繁殖,培育子代,以子代个体的基因组dna为模板,利用特异性引物pygph-f和pygph-r对糖原磷酸化酶基因进行pcr扩增,克隆子代的糖原磷酸化酶基因外显子区序列,获得包含目标snp位点的片段,对所述snp位点进行分型,收集1252cc基因型虾夷扇贝个体,进行多代繁育后,即可建立高糖原新品种。
13、本发明与已有技术相比其特点为:本发明利用分子生物学技术,鉴定与虾夷扇贝糖原含量相关的糖原磷酸化酶分子标记,用于筛选糖原含量高的个体,实现分子标记辅助选择育种,提高育种效率。
1.与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记,其特征是,所述分子标记位于虾夷扇贝糖原磷酸化酶基因外显子区,其snp位点为seq id no:1所示虾夷扇贝糖原磷酸化酶pygph基因编码区核苷酸序列5’端起第1252个碱基,所述碱基为a或c。
2.根据权利要求1所述与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记,其特征是,所述虾夷扇贝糖原磷酸化酶pygph基因编码区核苷酸序列5’端起第1252个碱基存在c>a突变,其中高糖原基因型为1252cc。
3.用于扩增权利要求1所述虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记的特异性引物,其特征是,所述特异性引物序列为:
4.用于扩增权利要求1所述虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记的试剂盒,其特征是,包含权利要求3所述特异性引物pygph-f和pygph-r。
5.权利要求1所述的与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记在鉴定或辅助鉴定虾夷扇贝的糖原含量的应用。
6.权利要求1所述的与虾夷扇贝糖原代谢相关的糖原磷酸化酶的分子标记在辅助选育虾夷扇贝高糖原良种的应用。
7.一种虾夷扇贝高糖原品种的选育方法,其特征是,选取高糖原含量的虾夷扇贝作为亲本进行繁殖,培育子代,以子代个体的基因组dna为模板,利用特异性引物pygph-f和pygph-r对糖原磷酸化酶基因进行pcr扩增,克隆子代的糖原磷酸化酶基因外显子区序列,获得包含权利要求1所述的snp位点的片段,对所述snp位点进行分型,收集1252cc基因型虾夷扇贝个体,进行多代繁育后,即可建立高糖原新品种;
