本发明涉及分子生物学,具体涉及一种榆耳种质资源ssr标记引物及指纹图谱的构建方法。
背景技术:
1、榆耳(gloeostereumincarnatum s.ito et imai)作为我国东北地区特有的一种珍贵的野生药食两用真菌,其子实体富含多种维生素、微量元素及人体所必需的氨基酸,营养丰富,具有多种药理活性。由于缺乏统一管理和有效的鉴定方法,榆耳的菌种管理与鉴定存在混乱现象,同种异名、同名异种的现象十分普遍,严重影响了产业的可持续发展。目前生产上用到的栽培品种不多,且现有的栽培品种大都是由野生榆耳组织分离后直接应用于生产,菌种退化现象严重,产量和品质很不稳定,无法确定哪些性状可以稳定遗传,也无区分品种间性状差异的标准,这不利于榆耳的种质资源开发及新品种选育的研究。所以迫切需要开发一种操作性强、能准确鉴定榆耳种质(品种)菌种的方法。
2、种质资源评价是食用菌种质资源利用的基础,主要从形态学、细胞学、生化以及分子四个方面开展,目前榆耳种质资源评价主要以农艺性状(形态学)评价为主,但表型相似的种质难以区分,而且表型性状受栽培环境影响较大,较难准确反映出真实遗传关系。基于榆耳基因组开发的ssr分子标记数量丰富,而且分布均匀,多态性高,重复性好,是一种理想的分子标记技术,已经被广泛应用于大田作物、园艺作物等品种鉴定、数据库的建立等方面,也被选作为构建dna指纹数据库的首选标记。dna指纹图谱是鉴别品种的有力工具,具有快速、准确等优点,也已广泛应用于很多作物的品种资源多样性和纯度鉴定研究。榆耳种质资源ssr分子标记指纹图谱构建工作尚未见报道,严重阻碍了榆耳的种质资源开发及新品种选育的研究。
技术实现思路
1、为解决上述技术问题,本发明提供了一种榆耳种质资源ssr标记引物及指纹图谱的构建方法,
2、一种榆耳种质资源ssr标记引物组合,所述ssr标记引物组包括序列分别如seq idno.1-2所述的引物组一、如seq id no.3-4所述的引物组二、如seq id no.5-6所述的引物组三、如seq id no.7-8所述的引物组四、如seq id no.9-10所述的引物组五、如seq idno.11-12所述的引物组六、如seq id no.13-14所述的引物组七、如seq id no.15-16所述的引物组八、如seq id no.17-18所述的引物组九、如seq id no.19-20所述的引物组十。
3、一种试剂盒,所述试剂盒包括所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合。
4、所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合或所述的试剂盒在构建榆耳种质资源指纹图谱中的应用。
5、所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合或所述的试剂盒在鉴定榆耳种质资源中的应用。
6、一种榆耳种质资源指纹图谱的构建方法,包括以下步骤:利用权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合对榆耳种质资源的dna进行pcr扩增,筛选核心引物,读取条带大小数据,筛选获得多态性片段,采用二进制方式将多态性片段转换成0、1矩阵数据,得到榆耳种质资源分子身份证。
7、优选的,所述pcr扩增的反应体系为dntp mixture 5μl、正向引物0.8±0.1μl、反向引物0.8±0.1μl、dna 1±0.1μl、超纯水加至11μl。
8、优选的,所述pcr扩增的反应条件为94℃预变性5min;94℃变性45s,60℃退火45s,72℃延伸1min,共35个循环;72℃延伸10min。
9、所述的构建方法在鉴定榆耳种质资源中的应用。
10、一种鉴定榆耳种质资源的方法,包括以下步骤:利用权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合,对待测榆耳种质资源dna进行pcr扩增,对得到的pcr扩增条带与所述的构建方法构建得到的榆耳种质资源指纹图谱进行比对,鉴定榆耳种质资源的种类。
11、与现有技术相比,本发明的有益效果在于:
12、本发明的10对核心ssr引物能够用于比对不同榆耳种质资源,建立ssr分子指纹图谱能够准确检测目标基因。本发利用ssr标记对榆耳种质资源进行遗传多样性研究和指纹图谱绘制,揭示不同榆耳种质的遗传差异和亲缘关系,为榆耳品种资源的鉴定、开发、保护与利用提供参考依据,操作简单、灵敏性强且时效性强,构建的资源指纹图谱,对于我国珍稀食用菌榆耳品种鉴定、新品种选育及资源高效利用与保护都具有重要意义。
1.一种榆耳种质资源ssr标记引物组合,其特征在于,所述ssr标记引物组包括序列分别如seq id no.1-2所示的引物组一、如seq id no.3-4所示的引物组二、如seq id no.5-6所示的引物组三、如seq id no.7-8所示的引物组四、如seq id no.9-10所示的引物组五、如seq id no.11-12所示的引物组六、如seq id no.13-14所示的引物组七、如seq idno.15-16所示的引物组八、如seq id no.17-18所示的引物组九、如seq id no.19-20所示的引物组十。
2.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合。
3.权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合或权利要求2所述的试剂盒在构建榆耳种质资源指纹图谱中的应用。
4.权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合或权利要求2所述的试剂盒在鉴定榆耳种质资源中的应用。
5.一种榆耳种质资源指纹图谱的构建方法,其特征在于,包括以下步骤:利用权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合对榆耳种质资源的dna进行pcr扩增,读取条带大小数据,筛选获得多态性片段,采用二进制方式将多态性片段转换成0、1矩阵数据,得到榆耳种质资源分子身份证指纹图谱。
6.根据权利要求5所述的榆耳种质资源指纹图谱的构建方法,其特征在于,所述pcr扩增的反应体系为dntp mixture 5μl、正向引物0.8±0.1μl、反向引物0.8±0.1μl、dna 1±0.1μl、超纯水加至11μl。
7.根据权利要求5所述的榆耳种质资源指纹图谱的构建方法,其特征在于,所述pcr扩增的反应条件为94℃预变性5min;94℃变性45s,60℃退火45s,72℃延伸1min,共35个循环;72℃延伸10min。
8.权利要求5或6或7所述的构建方法在鉴定榆耳种质资源中的应用。
9.一种鉴定榆耳种质资源的方法,其特征在于,包括以下步骤:利用权利要求1所述的榆耳种质资源ssr标记引物组合,对待测榆耳种质资源dna进行pcr扩增,对得到的pcr扩增条带与权利要求5或6或7所述的构建方法构建得到的榆耳种质资源指纹图谱进行比对,鉴定榆耳种质资源的种类。
