一种与小麦耐盐相关的SNP分子标记及其应用

    技术2025-06-21  15


    本发明涉及农业分子生物学,特别是涉及一种与小麦耐盐相关的snp分子标记及其应用。


    背景技术:

    1、小麦(triticum aestivum l.)是人类蛋白质和碳水化合物的重要来源。作物产量受多种生物和非生物因素的影响;盐胁迫是重要非生物限制因素之一。目前,我国超过20%的耕地受盐渍化的影响,严重威胁我国粮食产量安全。培育耐盐品种是利用与控制盐渍化发生最经济有效的方法,加快耐盐育种进程对提高作物产量具有重要意义。

    2、dna分子标记是指能够直接反映不同生物个体或种群基因组间差异特征的dna片段。分子标记为共显性,对隐性的性状的选择十分便利。分子标记不影响目标性状的表达,与不良性状无连锁;检测手段简单、迅速。随着高通量测序技术的不断发展,测序速度的提高与测序成本的降低,随着分子生物学的飞速发展,截至目前,分子标记已经被开发了数十种,包括(rflp、aflp、ssr、snp)。其中简单重复序列(ssr)的使用较为广泛,ssr是指在真核生物整个基因组中存在序列较短且重复出现的核苷酸序列,一般由2-6个核苷酸组成一个重复单位。但开发和合成新的ssr引物投入高、难度大。单核苷酸多态性(snp),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性。相比ssr,snp具有在个体基因组上分布广泛、数量较多,易于基因分型(snp的二态性)、适于快速、规模化筛查等优势。

    3、由于snp的广泛利用,使得基于snp的全基因组关联分析(gwas)广泛应用于作物重要农艺性状遗传位点的检测,单核苷多态性(snp)在小麦基因组中广泛存在,可以满足gwas对于大样本、高密度标记的要求。与传统的qtl相比,gwas具有更高的分辨率,可以更准确的识别和定位新的基因。彭等以118份小麦种质资源为试验材料,基于55k芯片数据,挖掘出14个与小麦品质相关的snp位点,吴等利用404份小麦种质资源构成的自然群体为试验材料,结合11个种子活力相关性状(发芽势、发芽率和种子活力等)进行测定的表型数据,挖掘出28个与小麦种子活力相关的snp位点,曲等以183份春小麦自然群体为试验材料,结合55k基因芯片对根部性状的抗旱系数进行全基因组关联分析,共挖掘到54个与抗旱性相关的snp位点。但目前对于与小麦耐盐相关的snp位点的研究较少,因此,寻找一种与小麦耐盐相关的snp并开发kasp标记,为降低小麦重要农艺性状检测的繁琐度和成本,提高小麦耐盐分子标记辅助育种的效率提供重要的技术基础。


    技术实现思路

    1、本发明的目的是提供一种与小麦耐盐相关的snp分子标记及其应用,以解决上述现有技术存在的问题。

    2、为实现上述目的,本发明提供了如下方案:

    3、本发明技术方案之一,一种与小麦耐盐性相关的snp分子标记,所述snp分子标记位于小麦2b染色体上traescs2b02g375100基因的3’utr区,位于2b染色体第536639185位,存在碱基多态性位点t/c。

    4、本发明技术方案之二,特异性引物,包括如seq id no.2和seq id no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物。

    5、本发明技术方案之三,一种鉴定小麦耐盐性的产品,包括所述特异性引物。

    6、本发明技术方案之四,所述snp分子标记或所述特异性引物在小麦育种中的应用。

    7、本发明技术方案之五,一种利用所述snp分子标记鉴别小麦耐盐性的方法,提取待测小麦基因组dna,检测所述snp分子标记的基因型,基因型为cc的小麦植株耐盐性显著高于基因型为tt的个体。

    8、本发明技术方案之六,一种耐盐性小麦的筛选方法,提取待测小麦基因组dna,检测所述snp分子标记的基因型,基因型为cc的小麦植株耐盐性显著高于基因型为tt的个体。

    9、基于上述技术方案,本发明具有以下技术效果:

    10、本发明通过运用全基因组关联分析的方法,获得与小麦盐胁迫性状相关的snp分子标记,该snp分子标记位于小麦2b染色体traescs2b02g375100基因的3’utr区,位置2b染色体536639185位的碱基t/c,其中cc为耐盐基因型,tt为盐敏感基因型;其可作为小麦育种过程中耐盐性状的辅助选择标记,能有效提高小麦品种选择的准确性,加快品种培育过程。



    技术特征:

    1.一种与小麦耐盐性相关的snp分子标记,其特征在于,所述snp分子标记位于小麦2b染色体上traescs2b02g375100基因的3’utr区,位于2b染色体第536639185位,存在碱基多态性位点t/c。

    2.特异性引物,其特征在于,包括如seq id no.2和seq id no.3所示的上游引物和如seq id no.4所示的下游引物。

    3.一种鉴定小麦耐盐性的产品,其特征在于,包括权利要求2所述特异性引物。

    4.如权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述特异性引物在小麦育种中的应用。

    5.一种利用权利要求1所述snp分子标记鉴别小麦耐盐性的方法,其特征在于,提取待测小麦基因组dna,检测所述snp分子标记的基因型,基因型为cc的小麦植株耐盐性显著高于基因型为tt的个体。

    6.一种耐盐性小麦的筛选方法,其特征在于,提取待测小麦基因组dna,检测所述snp分子标记的基因型,基因型为cc的小麦植株耐盐性显著高于基因型为tt的个体。


    技术总结
    本发明公开了一种与小麦耐盐相关的SNP分子标记及其应用,属于农业分子生物学技术领域。本发明通过运用全基因组关联分析的方法,获得与小麦盐胁迫性状相关的SNP分子标记,该SNP分子标记位于小麦2B染色体TraesCS2B02G375100基因的3’UTR区,位置2B染色体536639185位的碱基T/C,其中CC为耐盐基因型,TT为盐敏感基因型;其可作为小麦育种过程中耐盐性状的辅助选择标记,能有效提高小麦品种选择的准确性,加快品种培育过程。

    技术研发人员:王伟伟,张玉杰,罗政辉,赵振杰,王志,邹景伟,于亮,钮力亚,王奉芝
    受保护的技术使用者:沧州市农林科学院
    技术研发日:
    技术公布日:2024/10/24
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