本发明属于微生物检测,具体涉及一种胃肠道病原体检测试剂盒及方法。
背景技术:
1、感染性腹泻病是多种病原、多种因素引起的以大便次数增多和大便性状改变为特点的一组疾病。急性感染性腹泻病指病程在2周以内、由病原微生物感染引起的腹泻病,发病率高、流行广泛,严重危害儿童健康。腹泻通常是胃肠道感染的一种症状,可由多种细菌、病毒和寄生虫引起。而不同类型的病原体的感染症状类似,但治疗方式和效果存在差异。因此,从临床应用角度来讲,非常有必要针对胃肠道病原体进行并行的排查检测,以准确定位导致感染的病原体种类,便于后续能得到最及时、有效地控制。
2、胃肠道病原体检测技术主要针对成人或非特定人群。目前临床用于病原体检测方法主要有:传统的微生物培养、基于免疫反应的快速检测方法和传统的pcr方法。其中,传统的微生物培养需要的周期长,不满足临床急性感染的治疗需求。基于免疫反应的快速检测方法目前是单品种病原体检测的主要方法,其灵敏度较低,无法使用于早期诊断,且抗原抗体的交叉反应也容易导致假阳性的问题;除了操作层面以及本身特性导致的问题外,上述两种方法也无法用于较多病原体的多联检。与上述两种方法相比,pcr方法可以检测细菌和病毒等多种病原体,具有高灵敏度和特异性。但仍面临以下几个问题:一方面由于pcr方法检测的是特定的序列,因此如果病原体突变或者存在多种亚型,该方法可能无法检测到。另一方面,pcr方法在理论上可以非常灵敏地检测到非常小的目标序列,但在实际应用中,可能会受到许多因素的影响,如样本制备、pcr扩增条件等,从而导致假阳性或假阴性的结果产生。
3、结合panel引物设计进行靶向扩增可以进一步提高靶向区域的覆盖率和扩增效率。好的panel引物设计可以利用已知基因信息,准确选择目标靶向区域并设计高效特异的引物,从而实现对目标区域的高度靶向扩增,可以实现高通量、高准确性、高覆盖率、高特异性的单分子检测。该技术具有广泛的应用前景,对胃肠道感染中的精准快速医学和个体化治疗提供有力支持。
4、然而,现有技术未能充分考虑到儿童,尤其是中国儿童在胃肠道病原体种类和分布上的特殊性。这导致在诊断准确性、病原体覆盖范围以及针对特定人群(如中国儿童)的适用性方面存在显著局限。因此,开发专门针对中国儿童的、快速、准确地诊断胃肠道病原微生物快速检测技术显得尤为迫切。
技术实现思路
1、本发明提供了一种胃肠道病原体检测panel、试剂盒及方法。本发明旨在开发一种新的胃肠道病原体检测panel,通过对大量中国儿童的胃肠道样本进行深入的生物信息学分析,筛选出具有代表性和高度相关性的靶标,并根据所述靶标设计了23对特异性引物,具有如seq id no.1-46所示的核苷酸序列。本发明提供的panel及试剂盒基于广泛的样本数据和先进的分析技术,确保了对中国儿童胃肠道病原体的高度特异性和灵敏性,能够有效识别和区分中国儿童中常见的胃肠道病原体。
2、为实现上述目的,本发明采用的技术方案如下:
3、一方面,本发明提供了一种胃肠道病原体检测panel,所述的胃肠道病原体检测panel包括23对特异性引物,具有如seq id no.1-46所示的核苷酸序列。
4、具体地,所述的所述的胃肠道病原体包括轮状病毒、诺如病毒、札如病毒、eb病毒、巨细胞病毒、疱疹病毒6型、人乳头状瘤病毒、细小病毒b19型、腺病毒40型、腺病毒41型、腺病毒c型、白色念珠菌、肠集聚性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、沙门氏菌、屎肠球菌、弯曲杆菌、阴沟肠杆菌、环孢子虫、兰伯氏贾第鞭毛虫、痢疾阿米巴、隐孢子虫。
5、优选地,所述的轮状病毒具有如seq id no.1所示的上游引物,具有如seq idno.2所示的下游引物;
6、所述的诺如病毒具有如seq id no.3所示的上游引物,具有如seq id no.4所示的下游引物;
7、所述的札如病毒具有如seq id no.5所示的上游引物,具有如seq id no.6所示的下游引物;
8、所述的eb病毒具有如seq id no.7所示的上游引物,具有如seq id no.8所示的下游引物;
9、所述的巨细胞病毒具有如seq id no.9所示的上游引物,具有如seq id no.10所示的下游引物;
10、所述的疱疹病毒6型seq id no.11所示的上游引物,具有如seq id no.12所示的下游引物;
11、所述的人乳头状瘤病毒具有如seq id no.13所示的上游引物,具有如seq idno.14所示的下游引物;
12、所述的细小病毒b19型具有如seq id no.15所示的上游引物,具有如seq idno.16所示的下游引物;
13、所述的腺病毒40型具有如seq id no.17所示的上游引物,具有如seq id no.18所示的下游引物;
14、所述的腺病毒41型具有如seq id no.19所示的上游引物,具有如seq id no.20所示的下游引物;
15、所述的腺病毒c型具有如seq id no.21所示的上游引物,具有如seq id no.22所示的下游引物;
16、所述的白色念珠菌具有如seq id no.23所示的上游引物,具有如seq id no.24所示的下游引物;
17、所述的肠集聚性大肠杆菌具有如seq id no.25所示的上游引物,具有如seq idno.26所示的下游引物;
18、所述的肠侵袭性大肠杆菌具有如seq id no.27所示的上游引物,具有如seq idno.28所示的下游引物;
19、所述的肠致病性大肠杆菌具有如seq id no.29所示的上游引物,具有如seq idno.30所示的下游引物;
20、所述的沙门氏菌具有如seq id no.31所示的上游引物,具有如seq id no.32所示的下游引物;
21、所述的屎肠球菌具有如seq id no.33所示的上游引物,具有如seq id no.34所示的下游引物;
22、所述的弯曲杆菌具有如seq id no.35所示的上游引物,具有如seq id no.36所示的下游引物;
23、所述的阴沟肠杆菌具有如seq id no.37所示的上游引物,具有如seq id no.38所示的下游引物;
24、所述的环孢子虫具有如seq id no.39所示的上游引物,具有如seq id no.40所示的下游引物;
25、所述的兰伯氏贾第鞭毛虫具有如seq id no.41所示的上游引物,具有如seq idno.42所示的下游引物;
26、所述的痢疾阿米巴具有如seq id no.43所示的上游引物,具有如seq id no.44所示的下游引物;
27、所述的隐孢子虫具有如seq id no.45所示的上游引物,具有如seq id no.46所示的下游引物。
28、另一方面,本发明提供了上述胃肠道病原体检测panel在制备试剂盒中的应用。
29、又一方面,本发明提供了一种试剂盒,所述的试剂盒包括上述的胃肠道病原体检测panel。
30、具体地,所述的试剂盒还包括taq dna聚合酶、dntps和pcr缓冲液。
31、具体地,所述的胃肠道病原体检测panel的引物所用浓度均为10μmol/l。
32、又一方面,本发明提供了上述胃肠道病原体检测panel和试剂盒在检测23种胃肠道病原体中的应用。
33、又一方面,本发明提供了检测23种胃肠道病原体的方法,所述方法包括使用上述的胃肠道病原体检测panel或试剂盒。
34、具体地,所述方法包括如下步骤:
35、s1、取待检测样品,进行基因组dna提取;
36、s2、制备含有胃肠道病原体检测panel引物的预混液;
37、s3、将dna提取物与预混液混合,进行pcr扩增;
38、s4、扩增终产物进行凝胶电泳,有条带即为阳性样本。
39、具体地,所述预混液包括胃肠道病原体检测panel的引物、taq dna聚合酶、dntps和pcr缓冲液。
40、具体地,所述pcr扩增程序为:
41、
42、与现有检测方法相比,本发明的有点在于:
43、(1)针对性强:专门针对中国儿童群体的病原体进行优化,提供了更广泛的病原体覆盖和更高的检测灵敏度。
44、(2)提高诊断准确性:能够更准确地反映中国儿童胃肠道病原体的实际情况,为临床诊断提供了更有力的工具。
45、(3)临床应用价值:有助于改进中国儿童胃肠道病症的诊断和治疗,尤其是在儿童早期健康管理和疾病预防方面。
1.一种胃肠道病原体检测panel,其特征在于,所述的胃肠道病原体检测panel包括23对特异性引物,具有如seq id no.1-46所示的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的胃肠道病原体检测panel,其特征在于,所述的胃肠道病原体包括轮状病毒、诺如病毒、札如病毒、eb病毒、巨细胞病毒、疱疹病毒6型、人乳头状瘤病毒、细小病毒b19型、腺病毒40型、腺病毒41型、腺病毒c型、白色念珠菌、肠集聚性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、沙门氏菌、屎肠球菌、弯曲杆菌、阴沟肠杆菌、环孢子虫、兰伯氏贾第鞭毛虫、痢疾阿米巴、隐孢子虫。
3.根据权利要求2所述的胃肠道病原体检测panel,其特征在于,所述的轮状病毒具有如seq id no.1所示的上游引物,具有如seq id no.2所示的下游引物;
4.权利要求1-3任一项所述的胃肠道病原体检测panel在制备试剂盒中的应用。
5.一种试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒包括权利要求1-3任一项所述的胃肠道病原体检测panel。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒还包括taq dna聚合酶、dntps和pcr缓冲液。
7.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述的胃肠道病原体检测panel的引物所用浓度均为10μmol/l。
8.权利要求1-3任一项所述的胃肠道病原体检测panel或权利要求5-7任一项所述的试剂盒在检测23种胃肠道病原体中的应用。
9.一种检测23种胃肠道病原体的方法,其特征在于,所述的方法包括使用权利要求1-3任一项所述的胃肠道病原体检测panel或权利要求5-7任一项所述的试剂盒。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤: