本发明涉及基因芯片,尤其是涉及一种宁乡猪snp分子标记及其应用。
背景技术:
1、宁乡猪原产地为湖南省宁乡县,距今已有一千余年历史。宁乡猪具有繁殖率高、早熟易肥、肉质细嫩、肉味鲜美、耐粗饲等优点,且在饲养过程中性情温顺、适应性强,是国家重要的地方猪品种资源。目前,宁乡猪的育种工作已经从传统的经验育种逐渐转变为定向、高效、精准的分子设计育种。分子标记是宁乡猪分子设计育种中的重要工具,可加快宁乡猪优异种质培育。
2、传统分子标记技术存在其局限性,如通量低、操作过程繁琐等,不能满足宁乡猪大规模商业化育种需求。为了对遗传背景进行有效选择,对育种品种进行准确分析和鉴定,亟需开发一款宁乡猪的液相芯片产品。
技术实现思路
1、本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此,本发明提出一种宁乡猪snp分子标记组合。
2、本发明还提出了一种宁乡猪液相芯片。
3、本发明还提出了一种试剂盒。
4、本发明还提出一种上述宁乡猪snp分子标记组合、宁乡猪液相芯片或试剂盒的应用。
5、本发明还提出一种宁乡猪的育种方法。
6、根据本发明的一个方面,提出了一种宁乡猪snp分子标记,包括100个snp分子标记中的至少一种,所述100个snp分子标记的基因组位置是基于猪的参考基因组sscrofa11.1进行序列比对确定的,位点信息具体如下:
7、
8、
9、在本发明的一些实施方式中,所述snp位点的位置信息采用染色体编号_物理位置的形式进行表示。
10、在本发明的一些实施方式中,所述100个snp分子标记如snp001-100所示;snp001-100的具体位点信息如上表从上至下,从左至右依次排序。
11、在本发明的第二方面,提出了一种宁乡猪液相芯片,所述液相芯片包括用于检测上述的宁乡猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
12、在本发明的第三方面,提出了一种试剂盒,所述试剂盒包含用于检测宁乡猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
13、在本发明的一些实施方式中,所述试剂盒还包括pcr反应试剂、核酸提取试剂中的至少一种。
14、在本发明的第四方面,提出了上述宁乡猪snp分子标记、试剂盒或宁乡猪液相芯片的应用,所述应用为在宁乡猪基因分型中的应用。
15、在本发明的一些实施方式中,所述应用为在宁乡猪全基因组关联分析中的应用。
16、在本发明的一些实施方式中,所述应用为在宁乡猪聚类分析中的应用。
17、在本发明的一些实施方式中,所述应用为在宁乡猪亲缘关系鉴定中的应用。
18、在本发明的一些实施方式中,所述应用为在宁乡猪育种或辅助育种中的应用。
19、在本发明的一些实施方式中,所述应用为在宁乡猪遗传图谱构建中的应用。
20、在本发明的一些实施方式中,所述应用为在宁乡猪种质资源鉴定中的应用。
21、一种宁乡猪育种方法,包括如下步骤:利用上述宁乡猪snp分子标记、试剂盒或宁乡猪液相芯片对待测样本猪dna进行检测,选择宁乡猪进行后续育种。
22、在本发明的一些实施方式中,所述检测基于液相探针捕获测序分型技术进行。
23、本发明至少具有以下有益效果:
24、本发明的snp分子标记可用于特异性鉴定湖南宁乡猪,将其用于制备液相芯片,得到的液相芯片可以实现宁乡猪高通量、低成本基因型分型,可应用于宁乡猪的品种鉴定、亲缘关系分析及宁乡猪资源保护、开发与利用,为宁乡猪分子育种应用提供重要技术支撑。
25、本发明的其他特征和优点将在随后的说明书中阐述,并且,部分地从说明书中变得显而易见,或者通过实施本发明而了解。
1.一种宁乡猪snp分子标记,其特征在于,包括100个snp分子标记中的至少一种,所述100个snp分子标记的基因组位置是基于猪的参考基因组sscrofa11.1进行序列比对确定的,位点信息具体如下:
2.一种宁乡猪液相芯片,其特征在于,所述宁乡猪液相芯片包括用于检测权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
3.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括用于检测权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
4.权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记、权利要求2所述宁乡猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在宁乡猪基因分型中的应用。
5.权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记、权利要求2所述宁乡猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在宁乡猪全基因组关联分析中的应用。
6.权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记、权利要求2所述宁乡猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在宁乡猪聚类分析中的应用。
7.权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记、权利要求2所述宁乡猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在宁乡猪亲缘关系鉴定中的应用。
8.权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记、权利要求2所述宁乡猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在宁乡猪育种或辅助育种中的应用。
9.权利要求1所述的宁乡猪snp分子标记、权利要求2所述宁乡猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在宁乡猪遗传图谱构建或种质资源鉴定中的应用。
10.一种宁乡猪的育种方法,其特征在于,包括如下步骤:利用权利要求2所述宁乡猪液相芯片或权利要求3所述的试剂盒对待测样本猪dna进行检测,选择宁乡猪进行后续育种。