一种Indel标记、引物和检测试剂盒在筛选和或鉴定番鸭中的应用

    技术2025-03-01  43


    本发明属于分子生物学,具体涉及一种indel标记、引物和检测试剂盒在筛选和/或鉴定番鸭中的应用。


    背景技术:

    1、番鸭是优良的肉用鸭,其肉质较好,脂肪少,且肉内含有丰富的维生素以及矿物质、核黄素、硫胺素等营养物质,具有补充体内营养、增强机体免疫力、滋阴凉血等功效。

    2、在雏苗市场上,品种来源不纯、以次充好的现象时有发生。现有技术通常通过外貌特征和行为特征来辨别番鸭,但该过程不仅操作繁琐且结果并不准确;此外,当鸭血液样品、组织样本或dna样本混淆时,也无法通过外貌特征和行为特征进行辨别,因而会导致鸭物种不清楚、不确定,严重影响相关鸭物种的研究。


    技术实现思路

    1、本发明的目的在于提供一种indel标记、引物和检测试剂盒在筛选和/或鉴定番鸭中的应用,能准确快速的筛选番鸭、鉴定番鸭。

    2、本发明提供了一种indel标记,所述indel标记位于鸭rasef基因第2内含子中,具体为所述鸭rasef基因的第11096bp~11102bp处,存在“ttgagtt”片段的插入或缺失;所述鸭rasef基因的gene id为101803543。

    3、优选的,包含所述indel标记的核苷酸序列如seq id no.1或seq id no.2所示。

    4、本发明提供了扩增上述技术方案所述的indel标记,所述引物包括上游引物和下游引物;所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示;所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。

    5、本发明提供了一种检测试剂盒,含有上述技术方案所述的引物和pcr扩增试剂。

    6、优选的,所述pcr扩增试剂包括dna聚合酶、dntps和mg2+。

    7、本发明提供了上述技术方案所述的indel标记、引物或检测试剂盒在筛选和/或鉴定番鸭中的应用。

    8、本发明提供了一种筛选和/或鉴定番鸭的方法,包括如下步骤:以待测样本的基因组dna为模板,利用上述技术方案所述的引物进行pcr扩增,得到pcr扩增产物;对所述pcr扩增产物进行测序并作出判断;当pcr扩增产物的序列中含有“ttgagtt”片段的插入时,则判定待测样本不是番鸭;当pcr扩增产物的序列中不含有“ttgagtt”片段时,则判定待测样本是番鸭。

    9、优选的,所述待测样本来源包括血液、组织和细胞中一种或多种。

    10、优选的,所述pcr扩增的反应体系以25μl计,包括:2×taq pcr mix 12.5μl,10μmol/l上游引物0.5μl,10μmol/l下游引物0.5μl,50ng/μl的dna模板1μl,ddh2o 10.5μl。

    11、优选的,所述pcr扩增的反应程序为:98℃预变性3min;94℃变性30s,52℃退火20s,72℃延伸20s,进行35个循环;72℃延伸5min。

    12、有益效果:

    13、本发明提供了一种indel标记,所述indel标记位于鸭rasef基因第2内含子中,具体为所述鸭rasef基因的第11096bp~11102bp处,存在“ttgagtt”片段的插入或缺失;所述鸭rasef基因的gene id为101803543,利用该标记能够实现准确鉴定番鸭的目的。在此基础上,本发明进一步提供了扩增上述indel标记的引物和检测试剂盒用以特异性鉴定番鸭物种。

    14、本发明提供了一种筛选和/或鉴定番鸭的方法,包括如下步骤:以待测样本的基因组dna为模板,利用上述技术方案所述的引物进行pcr扩增,得到pcr扩增产物;对所述pcr扩增产物进行测序并作出判断;当pcr扩增产物的序列中含有“ttgagtt”片段的插入时,则判定待测样本不是番鸭;当pcr扩增产物的序列中不含有“ttgagtt”片段时,则判定待测样本是番鸭。实验证明,采用本发明提供的技术方案后,能特异性的将番鸭从北京鸭、奧白星鸭、樱桃谷鸭、连城白鸭、攸县麻鸭、荆江麻鸭、山麻鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭、沔阳麻鸭和金定鸭中筛选出来,结果准确、简便快捷。



    技术特征:

    1.一种indel标记,其特征在于,所述indel标记位于鸭rasef基因第2内含子中,具体为所述鸭rasef基因的第11096bp~11102bp处,存在“ttgagtt”片段的插入或缺失;

    2.根据权利要求1所述的indel标记,其特征在于,包含所述indel标记的核苷酸序列如seq id no.1或seq id no.2所示。

    3.扩增权利要求1或2所述的indel标记,其特征在于,所述引物包括上游引物和下游引物;

    4.一种检测试剂盒,其特征在于,含有权利要求3所述的引物和pcr扩增试剂。

    5.根据权利要求4所述的检测试剂盒,其特征在于,所述pcr扩增试剂包括dna聚合酶、dntps和mg2+。

    6.权利要求1或2所述的indel标记、权利要求3所述的引物、权利要求4或5所述的检测试剂盒在筛选和/或鉴定番鸭中的应用。

    7.一种筛选和/或鉴定番鸭的方法,其特征在于,包括如下步骤:

    8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述待测样本来源包括血液、组织和细胞中一种或多种。

    9.根据权利要求7或8所述的方法,其特征在于,所述pcr扩增的反应体系以25μl计,包括:2×taq pcr mix 12.5μl,10μmol/l上游引物0.5μl,10μmol/l下游引物0.5μl,50ng/μldna模板1μl,ddh2o 10.5μl。

    10.根据权利要求7或8所述的方法,其特征在于,所述pcr扩增的反应程序为:98℃预变性3min;94℃变性30s,52℃退火20s,72℃延伸20s,进行35个循环;72℃延伸5min。


    技术总结
    本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种Indel标记、引物和检测试剂盒在筛选和/或鉴定番鸭中的应用。本发明提供了一种Indel标记,其位于鸭RASEF基因第2内含子中,具体为该基因的第11096bp~11102bp处,存在“TTGAGTT”片段的插入或缺失;利用该标记能够实现准确鉴定番鸭的目的;本发明还提供了相应的引物、检测试剂盒和方法,用以特异性鉴定番鸭物种。实验证明,采用本发明提供的技术方案后,能特异性的将番鸭从北京鸭、奧白星鸭、樱桃谷鸭、连城白鸭、攸县麻鸭、荆江麻鸭、山麻鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭、沔阳麻鸭和金定鸭中筛选和/或鉴定出来,结果准确、简便快捷。

    技术研发人员:龚萍,杨宇,叶胜强,杨永平,陈星,王丽霞,钱运国,童新红,李中心,翟明丽,杜康裕
    受保护的技术使用者:武汉市农业科学院
    技术研发日:
    技术公布日:2024/10/24
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