本发明涉及分子生物学领域，具体说是一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记及应用。
背景技术：
1、鸡肉是中国主要肉类品种之一，其具有高蛋白、低脂肪、低胆固醇等特点。近年来，我国鸡肉产量持续增长，提高肌肉产量、改善鸡肉品质，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。经典育种方法为农业动物生产性状改良做出了很大贡献，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，育种科学家可以根据特定的遗传标记，选择具有良好产量和质量特征的鸡进行繁殖。这些遗传标记可以帮助育种科学家更准确地评估和选择鸡的遗传潜力，加速育种进程。
2、snp(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性)是遗传学中常见的遗传变异形式之一。snp具有量大、高频率、低突变率等优点，在遗传研究和分子选择育种中发挥着重要的作用。但目前肉鸡分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的分子标记。因此，挖掘效应大的、准确的分子标记是当前的研究重点。进一步，如果能够找到与鸡目标性状相关的snp分子标记，并最终解析该位点的分子机制，将极大促进鸡的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。
技术实现思路
1、针对现有技术中存在的缺陷，本发明的目的在于提供一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记及应用。
2、本发明公开了一个与鸡4周，8周和12周龄胸深相关的snp位点，该位点位于fndc3a基因内含子区，基因组位置为grcg6a 104版本基因组的chr1：170409400bp处。
3、该snp标记存在3种基因型，c/c、t/t和c/t，其中c/c对应较高的胸深和体重。在高胸深鸡中，c为优势等位基因，通过优选该snp位点的c/c基因型，对鸡胸深性状进行早期选择，可以加快鸡的遗传育种。
4、为达到以上目的，本发明采取的技术方案是：
5、一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记，其特征在于，该snp分子标记位于基因组版本grcg6a 104的chr1：170409400bp处，所述snp分子标记的等位基因为c和t。
6、该snp分子标记获得的具体过程如下：
7、利用重测序技术对1079只有不同周龄胸深记录的鸡杂交群体个体进行测序并进行gwas分析，得到了一个与4周，8周和12周龄胸深显著相关的snp位点，该snp是位于基因组版本grcg6a 104的rs14916459(chr1:170409400)，该为位点包含c/c、t/t和c/t三种基因型。
8、在上述方案的基础上，所述的snp分子标记的优势等位基因为c。该结果通过统计该snp在重测序的其他低体重鸡种和高体重鸡种中的snp频率得到，发现其snp频率分布在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，高体重鸡中c为优势等位基因，低体重鸡中t为优势等位基因。
9、在上述方案的基础上，所述snp分子标记位于seq id no.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。seq id no.1所示序列为基因组版本grcg6a 104的chr1中第170409300bp–170409500bp的片段。
10、一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记在鸡的标记辅助选择育种中的应用。
11、在上述方案的基础上，所述鸡的标记辅助选择育种具体为：通过snp位点辅助选择具有高胸深的鸡进行育种。
12、在上述方案的基础上，所述与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记在鸡的标记辅助选择育种中的应用包括如下步骤：
13、步骤1，检测样品鸡在所述snp分子标记的基因型；
14、步骤2，选择基因型为c/c的鸡种进行选育。
15、在上述方案的基础上，所述步骤1采用直接测序，或者先扩增含所述snp分子标记的片段再测序的方式进行。
16、用于扩增含上述snp分子标记的片段的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示；
17、f:gtgagatttttcttctttcc(seq id no.2)
18、r:tgtgaggggggatctaatca(seq id no.3)
19、所述引物对用于从seq id no.1所示的序列中扩增到含有所述snp分子标记的片段。
20、本发明所述的一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记及应用，其有益效果为：
21、通过重测序技术对1079只具有不同周龄胸深记录的鸡杂交群体进行gwas研究，通过对gwas结果的分析得到一个与鸡胸深性状显著相关的snp(chr1:170409400)位点，对这个位点在其他低胸深鸡种及高胸深鸡种中进行snp频率分析，发现其snp频率分布在低胸深鸡种和高胸深鸡种中存在显著差异，高胸深鸡中t为优势等位基因，低胸深鸡中c为优势等位基因。高胸深鸡比低胸深鸡体重高，说明这个snp位点可作为分子标记应用于优良鸡种的选育。在胸深较低的群体中，通过选择等位基因t的个体，可以提高群体的体重。本发明通过检测snp分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测体重高低与否，在鸡种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。
1.一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记，其特征在于，该snp分子标记位于基因组版本grcg6a 104的chr1：170409400bp处，所述snp分子标记的等位基因为c和t。
2.如权利要求1所述的一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记，其特征在于：所述的snp分子标记的优势等位基因为c。
3.如权利要求1所述的一种与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记位于seq id no.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。
4.如权利要求1-3任一项所述的与鸡不同周龄胸深相关的snp分子标记在鸡的标记辅助选择育种中的应用。
5.如权利要求4所述的应用，其特征在于：
6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：
7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，
8.用于扩增含权利要求1所述的snp分子标记的片段的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示；
