本发明属于分子遗传，具体涉及一种广东猪snp分子标记及其应用。
背景技术：
1、单核苷酸多态性(snp)具有数量多，分布广泛，易于快速规模化筛查，便于基因分型等特点，是继第一代限制性片段长度的多态性标记、第二代微卫星即简单的串联重复标记后的第三代遗传标记，被认为是当前最佳的标记选择，具有重要的生物学意义。目前，snp标记已成为生物种群鉴定、遗传结构分析、功能性基因定位、基因组选择的重要工具。随着高通量snp基因分型技术的发展，基于全基因组或简化基因组测序的方法成为snp基因分型技术的主流。对于有参考基因组序列的物种，科研人员一般利用已知的序列设计snp芯片，利用随机打断的基因组dna片段与芯片上的寡聚核苷酸探针杂交，就可以获知对应位点的snp基因分型。
2、广东省拥有丰富的地方猪遗传资源，主要有蓝塘猪、粤东黑猪、大花白猪、广东小耳猪等多个品种，具有早熟易肥、皮薄、肉味鲜美、繁殖力强、耐粗饲、抗逆性强等优点，是国家重要的地方猪品种资源。当前，广东猪的种质资源保护和良种选育工作较为落后，导致广东猪繁殖、肉质、抗逆性等优良性状退化。而分子标记是广东猪分子育种中的重要工具，可加快广东猪优异品种培育。传统分子标记技术存在其局限性，如通量低、操作过程繁琐等，不能满足广东猪大规模商业化育种需求。为了对遗传背景进行有效选择，对育种品种进行准确分析和鉴定，需要开发和利用高通量snp分子标记。
技术实现思路
1、本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种广东猪snp分子标记，能够用于广东猪种质资源和亲缘关系鉴定，为广东猪分子标记辅助育种等提供重要的工具，在广东猪育种的研究中发挥重要作用。
2、本发明还提出一种具有上述广东猪snp分子标记的基因芯片。
3、本发明还提出一种具有上述广东猪snp分子标记的试剂盒。
4、本发明还提出一种上述广东猪snp分子标记、基因芯片和试剂盒的应用。
5、本发明还提出一种广东猪的育种方法。
6、根据本发明的第一方面，提出了一种广东猪snp分子标记，包括100个广东猪snp分子标记中的至少一种，所述100个snp分子标记的物理位置是基于猪的参考基因组进行序列比对确定的；所述snp分子标记位点信息具体如下：
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8、
9、
10、在本发明的一些实施方式中，所述snp位点的位置信息采用染色体编号：物理位置的形式进行表示。
11、在本发明的一些实施方式中，所述100个snp分子标记如snp001-100所示；snp001-100的具体位点信息如上表从上至下，从左至右依次排序。
12、根据本发明的第二方面，提出了一种广东猪snp芯片，所述snp芯片包括用于检测上述的广东猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
13、根据本发明的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包含用于检测广东猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
14、根据本发明的第四方面，提出了上述广东猪snp分子标记、试剂盒或广东猪snp芯片的应用，所述应用为在广东猪基因分型中的应用。
15、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在广东猪全基因组关联分析中的应用。
16、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在广东猪聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。
17、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在广东猪遗传多样性鉴定中的应用。
18、在本发明的一些实施方式中，所述应用为在广东猪育种或辅助育种中的应用。
19、在本发明的一些实施方式中，所述育种或辅助育种包括辅助的主效基因选择、分子辅助育种、全基因组选择育种、广东猪品种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、物种进化分析和种质资源鉴定中的至少一种。
20、根据本发明的第五方面，提供了一种广东猪育种方法，包括如下步骤：利用上述广东猪snp分子标记、试剂盒或广东猪snp芯片对待测广东猪的dna进行检测，选择广东猪进行后续育种；所述广东猪育种方法不以疾病的诊断或治疗为目的。
21、在本发明的一些实施方式中，所述检测基于靶向捕获测序技术进行。
22、与现有技术相比，本发明至少具有以下有益效果：
23、本发明标记筛选来源于丰富的地方猪品种，包括蓝塘猪、粤东黑猪、大花白猪、广东小耳猪、大围子猪、小耳猪、沙子岭猪、铁骨猪、德保猪、合川猪、黔邵花猪等，优选核心100个高多态、高分辨率的广东猪特异标记。并且，本发明提供的广东猪液相芯片能一次性检出筛选的所有标记数据，与传统分子标记如ssr标记相比，具有通量高、单个标记数据成本低等优势。基于液相芯片原理，后期可以增加新的标记位点或与其他液相芯片组合使用，灵活性高。本方案基于高通量测序，基因型分型数据准确可靠，遗传稳定性和重复性好，容易实现自动化检测，减少人力成本，可以满足多次基因分型数据结果的整合。本发明提供的基于上述特异性snp分子标记的液相芯片，可用于广东猪种质资源和亲缘关系鉴定，为广东猪分子标记辅助育种等提供重要的工具，在广东猪育种的研究中发挥重要作用。
1.一种广东猪snp分子标记，其特征在于，包括100个广东猪snp分子标记中的至少一种，所述100个snp分子标记的物理位置是基于猪的参考基因组进行序列比对确定的；所述snp分子标记位点信息具体如下：
2.一种广东猪snp芯片，其特征在于，所述snp芯片包括用于检测权利要求1所述的广东猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如权利要求1所述的用于检测广东猪snp分子标记的引物组和/或液相探针。
4.如权利要求1所述的广东猪snp分子标记、权利要求2所述广东猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在广东猪基因分型中的应用。
5.如权利要求1所述的广东猪snp分子标记、权利要求2所述广东猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在广东猪全基因组关联分析中的应用。
6.如权利要求1所述的广东猪snp分子标记、权利要求2所述广东猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在广东猪聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。
7.如权利要求1所述的广东猪snp分子标记、权利要求2所述广东猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在广东猪遗传多样性鉴定中的应用。
8.如权利要求1所述的广东猪snp分子标记、权利要求2所述广东猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在广东猪育种或辅助育种中的应用。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述育种或辅助育种包括辅助的主效基因选择、分子辅助育种、全基因组选择育种、广东猪品种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、物种进化分析和种质资源鉴定中的至少一种。
10.一种广东猪的育种方法，其特征在于，包括如下步骤：利用权利要求1所述的广东猪snp分子标记、权利要求2所述广东猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种对待测猪的dna进行检测，选择广东猪进行后续育种。
