本发明涉及分子生物，特别是涉及一种与橡胶树育种性状相关的snp位点组合及其应用。
背景技术：
1、分子标记主要指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的dna片段，它直接反应基因组dna间的差异，也叫dna标记。分子标记分析方法均以dna的多态性为基础，如rflp、rapd、aflp、ssr以及snp标记等。早期rflp、rapd和aflp分子标记技术在使用中经常出现稳定性差、多态性低以及数据整合困难等问题未能被广泛应用。由于snp标记具有高通量、位点特异、共显性遗传、误检率低、开发和检测成本急剧降低、数据易整合等优点，随着二代测序技术不断完善，基因组测序效率得到极大提高，测序成本也大幅度下降，snp标记成为基因型鉴定的主要标记类型，大大推动了遗传育种相关研究的进展。
2、橡胶树作为最重要的热带经济作物，其生产的天然橡胶是重要的战略资源，在军事、航空航天、海洋工程以及轨道交通等领域具有不可替代的作用。目前在橡胶树的育种过程中，仍旧采用的是传统的表型性状评估方法，其需要对种子进行种植后，通过观察其树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率和胶乳产量等方式来获得其性状指标。橡胶树传统育种方法的程序繁琐，橡胶树幼龄期长，育种周期长达30年，且根据早期表型进行筛选淘汰的选择方式极其不准确。随着snp标记技术的快速发展，对不同的品种进行重测序，利用重测序发现的snp标记，利用全基因组关联分析(genome wideassociation mapping,gwas)对重要育种性状进行关联分析，确定重要育种性状相关的候选基因位点，建立起一套高效快速、成熟稳定、成本低、通量高的基因型鉴定方法，是遗传育种研究人员优先考虑的方向。目前，还没有建立起一套完整与橡胶树育种性状相关的snp位点组合用于橡胶树分子育种的报道。
技术实现思路
1、本发明的目的是提供一种与橡胶树育种性状相关的snp位点组合及其应用，以解决上述现有技术存在的问题。本发明所采用的298个snp位点与橡胶树的树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量等重要育种性状相关，其可应用于橡胶树的分子标记辅助育种工作中。
2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
3、本发明提供一种与橡胶树育种性状相关的snp位点组合，包括298个snp位点，每个snp位点包含两个不同碱基的等位基因，用于检测该位点的等位基因变化，所述298个snp位点的物理位置是基于橡胶树野生种质mt/vb/25a 57/8的基因组序列比对确定的，所述橡胶树野生种质mt/vb/25a 57/8的基因组序列的版本号为asm3005281v1，所述298个snp位点的变异信息如下：所述snp位点的变异信息采用染色体编号_物理位置_参考基因型/等位基因型的形式进行表示：
4、chr1_15757_g/t；chr1_731023_c/t；chr1_2709764_c/t；chr1_3828026_c/g；chr1_10086984_t/c；chr1_13443998_c/a；chr1_24711557_g/a；chr1_28410342_g/a；chr1_31246482_a/g；chr1_33236009_a/t；chr1_91047897_g/a；chr1_94236268_c/t；chr1_97506370_a/g；chr1_103644378_t/a；chr1_105896364_a/c；chr1_111818657_c/a；chr1_119761444_g/a；chr1_119815929_t/a；chr1_124681987_a/g；chr2_708272_t/c；chr2_1091213_a/g；chr2_1412841_t/g；chr2_6735215_a/g；chr2_8387629_a/g；chr2_8935490_c/t；chr2_14396160_g/a；chr2_17221809_g/c；chr2_23335062_c/t；chr2_52259102_g/a；chr2_65921385_c/t；chr2_71475197_g/t；chr2_77534372_a/g；chr2_85191439_t/c；chr2_102109411_a/c；chr2_107220134_a/g；chr2_112911824_g/t；chr2_116729566_a/g；chr2_116811799_c/a；chr2_123601709_t/g；chr2_124300927_a/g；chr3_1466320_c/t；chr3_1960954_t/c；chr3_4087599_t/a；chr3_5957222_g/a；chr3_12089943_g/a；chr3_12476864_t/c；chr3_14407329_a/t；chr3_19609926_g/a；chr3_25818990_c/t；chr3_26105771_t/a；chr3_28011570_a/g；chr3_55427066_a/g；chr3_65399028_g/a；chr3_78061863_g/a；chr3_83776666_t/g；chr3_87552482_g/t；chr3_87849740_g/a；chr3_89316084_g/a；chr3_95073582_t/a；chr3_97394338_a/c；chr3_97633357_a/g；chr3_99096014_g/t；chr3_105554669_t/c；chr3_108145282_a/c；chr3_110755926_g/a；chr3_111315050_g/a；chr3_113093396_g/t；chr3_115841960_t/c；chr4_4836875_t/g；chr4_5122798_a/g；chr4_13812464_a/t；chr4_14259021_t/c；chr4_20075652_c/a；chr4_20495918_t/a；chr4_27655758_t/c；chr4_28184400_g/a；chr4_101079315_c/t；chr4_104972595_c/t；chr4_109783256_g/a；chr4_110174839_a/c；chr4_111315272_a/g；chr4_115826287_g/t；chr5_5014612_g/a；chr5_5023352_c/a；chr5_5515786_a/t；chr5_9709308_a/g；chr5_12766865_t/c；chr5_15109810_t/a；chr5_22533448_a/g；chr5_25929070_a/g；chr5_65287220_a/g；chr5_73727319_t/a；chr5_88048914_g/a；chr5_99903267_c/g；chr5_105218154_a/g；chr5_108901274_a/g；chr5_110279515_t/c；chr5_111330503_t/c；chr5_111547930_c/a；chr6_810624_t/a；chr6_3036971_a/g；chr6_5034063_t/a；chr6_15910001_c/t；chr6_24457821_g/a；chr6_83782657_c/t；chr6_98816559_g/a；chr6_98989641_t/a；chr6_101179647_t/g；chr6_105804599_g/a；chr6_106597314_g/a；chr6_107794933_t/c；chr7_3136477_a/g；
5、chr7_4403505_c/t；chr7_6790961_c/g；chr7_11042954_g/a；chr7_13203287_t/c；
6、chr7_13586605_t/c；chr7_19002798_c/a；chr7_23498422_t/c；chr7_51574707_g/c；
7、chr7_64866814_t/c；chr7_86545391_g/c；chr7_88082006_a/t；chr7_91885282_t/g；
8、chr7_95451717_g/c；chr7_101803420_t/c；chr8_434205_g/t；chr8_3622765_c/t；
9、chr8_6201463_t/c；chr8_6777431_g/t；chr8_16893876_a/t；chr8_18492509_c/a；
10、chr8_27807713_t/c；chr8_70878100_c/t；chr8_87651866_g/t；chr8_90588981_a/c；
11、chr8_98580941_g/a；chr8_99079868_a/g；chr8_100597325_c/g；chr9_1813979_c/g；
12、chr9_5709469_c/a；chr9_7401382_c/a；chr9_7664635_a/c；chr9_14855094_t/c；
13、chr9_17665225_t/c；chr9_18653960_c/t；chr9_20264134_a/t；chr9_20707073_a/g；
14、chr9_24502054_a/c；chr9_24854055_a/c；chr9_34308910_c/t；chr9_34873585_t/c；
15、chr9_75435371_c/t；chr9_77610735_g/a；chr9_86585759_t/a；chr9_88315788_a/g；
16、chr9_91502195_g/a；chr9_95436365_t/a；chr9_97867065_g/a；chr10_1470878_a/t；
17、chr10_5824840_g/c；chr10_8136996_a/t；chr10_10507992_g/a；chr10_15719936_t/a；
18、chr10_27591981_c/a；chr10_87585142_c/g；chr10_90419402_c/a；chr10_90421003_g/a；
19、chr10_94722518_g/a；chr10_96108456_c/t；chr10_98147463_c/g；chr11_678127_c/t；
20、chr11_736365_a/g；chr11_1115977_c/g；chr11_7196081_g/a；chr11_10848831_g/c；
21、chr11_14918947_t/c；chr11_18839922_c/g；chr11_22924094_c/t；chr11_52683514_t/g；
22、chr11_72064153_a/g；chr11_73664189_c/t；chr11_74555756_a/g；chr11_75121758_c/t；
23、chr11_82668555_t/g；chr11_91501311_t/g；chr11_93188716_t/g；chr11_95071313_c/t；
24、chr11_96208291_c/t；chr11_98880506_c/t；chr12_684080_c/a；chr12_2931612_t/c；
25、chr12_6899137_t/a；chr12_7707046_a/g；chr12_12156787_a/t；chr12_13341210_t/a；
26、chr12_16307269_c/t；chr12_16328314_a/g；chr12_22494251_t/c；chr12_23601414_g/c；
27、chr12_26680799_c/g；chr12_26973865_c/a；chr12_32544120_a/t；chr12_35993093_t/c；
28、chr12_37011239_c/a；chr12_38908419_a/c；chr12_40517500_a/g；chr12_45207311_t/c；
29、chr12_45440599_t/c；chr12_69549182_a/g；chr12_79376136_c/g；chr13_4356832_g/t；
30、chr13_8875751_t/c；chr13_13255560_g/t；chr13_13918244_a/g；chr13_15886975_t/a；
31、chr13_16924693_a/g；chr13_25851280_t/c；chr13_31683642_a/g；chr13_48641671_c/g；
32、chr13_69350364_g/a；chr13_69392735_g/a；chr13_70291223_t/a；chr13_77454106_g/a；
33、chr13_77704508_t/a；chr13_78200581_g/a；chr13_83025236_g/a；chr13_83094380_t/g；
34、chr13_86155184_c/t；chr13_89160461_g/a；chr13_89846004_t/g；chr14_3754938_g/a；
35、chr14_4002023_a/g；chr14_5279683_t/g；chr14_5988595_c/t；chr14_16631275_g/t；chr14_16668074_c/t；chr14_23975735_c/t；chr14_24930605_t/a；chr14_29279540_c/t；chr14_68126151_a/g；chr14_68309126_g/a；chr14_69200024_a/g；chr14_74583350_a/c；chr14_81298104_c/a；chr14_83285431_c/g；chr14_89010870_g/a；chr14_91155262_g/t；chr15_2986762_c/g；chr15_3196798_c/a；chr15_8687335_g/a；chr15_23754687_a/g；chr15_35180027_a/g；chr15_40670852_c/t；chr15_47894762_g/t；chr15_52881987_t/a；chr15_53642786_g/t；chr15_54447431_t/c；chr15_63208884_c/t；chr15_66357157_g/t；chr15_70990505_a/g；chr15_73033483_t/c；chr16_8093869_t/c；chr16_8130467_g/a；chr16_9976916_g/a；chr16_41093450_c/a；chr16_41892017_t/c；chr16_43339238_a/c；chr16_47328276_t/c；chr16_50459414_t/c；chr16_55859604_a/g；chr16_61536320_a/g；chr16_64893652_a/c；chr16_69033394_c/t；chr16_70631013_c/a；chr17_4332955_g/c；chr17_5300940_c/t；chr17_11344297_a/g；chr17_14450909_c/t；chr17_24540321_g/a；chr17_25427335_g/a；chr17_39194976_g/a；chr17_47016224_a/g；chr17_51749822_a/g；chr17_55881919_c/t；chr17_58004068_a/g；chr18_2465717_t/a；chr18_7859243_a/g；chr18_28775131_c/t；chr18_29989533_g/a；chr18_35440358_c/t；chr18_41190847_a/g；chr18_42439396_c/a；chr18_42574751_a/c；chr18_45891002_c/t；chr18_46892894_c/t；chr18_50817494_g/c；chr18_51611167_t/c；
36、所述育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量；
37、与树皮厚度相关的52个snp位点及其优势等位基因如下：
38、chr1_731023_t；chr1_10086984_t；chr1_28410342_a；chr1_91047897_g；chr1_103644378_a； chr1_119761444_a； chr2_708272_t； chr2_107220134_g；chr2_116811799_a； chr3_12476864_c； chr3_28011570_a； chr3_65399028_g；chr3_89316084_g； chr3_97394338_a； chr3_110755926_g； chr4_5122798_a；chr4_104972595_t； chr4_115826287_t； chr5_5023352_c； chr5_12766865_c；chr5_108901274_a； chr6_810624_t；chr6_101179647_t； chr7_11042954_a；chr7_91885282_t；chr8_6777431_g；chr8_87651866_g；chr9_5709469_c；chr9_14855094_t；chr9_20707073_a；chr9_34873585_t；chr9_97867065_g；chr10_1470878_a；chr10_87585142_c；chr11_14918947_t；chr11_73664189_c；chr11_93188716_t；chr12_2931612_c；chr12_22494251_t；chr13_70291223_t；chr13_83025236_g；chr14_89010870_g；chr15_66357157_g；chr15_73033483_t；chr16_8093869_t；chr16_41892017_t；chr16_50459414_t；chr16_64893652_a；chr17_11344297_g；chr17_47016224_a；chr17_55881919_c；chr18_45891002_t；
39、与耐寒性相关的39个snp位点及其优势等位基因如下：
40、chr1_15757_g；chr2_8387629_a；chr2_112911824_t；chr2_123601709_t；chr3_1466320_t；chr3_105554669_c；chr3_111315050_a；chr4_111315272_g；chr5_5515786_a；chr6_98816559_a；chr7_4403505_c；chr8_18492509_c；chr8_27807713_t；chr8_100597325_c；chr9_7664635_c；chr9_17665225_t；chr9_24854055_a；chr9_34308910_t；chr10_15719936_t；chr10_94722518_a；chr11_18839922_c；chr11_75121758_t；chr11_96208291_c；chr12_7707046_g；chr12_16307269_c；chr12_26973865_a；chr12_40517500_a；chr13_16924693_g；chr13_31683642_a；chr13_86155184_t；chr14_5988595_c；chr14_16668074_c；chr14_24930605_a；chr14_81298104_a；chr16_41093450_a；chr17_24540321_a；chr18_2465717_a；chr18_29989533_a；chr18_46892894_t；
41、与茎围生产速率相关的61个snp位点及其优势等位基因如下：
42、chr1_2709764_c；chr1_94236268_c；chr1_111818657_c；chr2_6735215_a；chr2_17221809_c； chr2_116729566_a； chr3_5957222_a； chr3_19609926_a；chr3_25818990_t； chr3_87849740_a； chr3_95073582_a； chr3_115841960_t；chr4_14259021_c； chr4_28184400_g； chr5_15109810_a； chr5_25929070_g；chr5_105218154_g；chr5_111547930_a；chr6_106597314_a；chr7_13203287_c；chr7_95451717_g；chr9_1813979_c；chr9_7401382_c；chr9_20264134_t；chr9_75435371_t；chr9_88315788_a；chr10_8136996_a；chr10_90421003_g；chr10_96108456_t；chr11_736365_g；chr11_10848831_c；chr11_91501311_g；chr12_16328314_g；chr12_26680799_g；chr12_35993093_t；chr12_45207311_c；chr12_69549182_g；chr12_79376136_g；chr13_4356832_g；chr13_15886975_t；chr13_25851280_c；chr13_48641671_c；chr13_77704508_a；chr13_89160461_a；chr14_3754938_g；chr14_16631275_g；chr14_29279540_t；chr14_68309126_g；chr14_91155262_t；chr15_3196798_a；chr15_47894762_t；chr15_53642786_g；chr15_63208884_t；chr16_43339238_a；chr16_61536320_g；chr17_5300940_t；chr17_14450909_t；chr17_51749822_a；chr18_28775131_t；chr18_41190847_a；chr18_51611167_t；
43、与胶乳产量相关的82个snp位点及其优势等位基因如下：
44、chr1_731023_t；chr1_13443998_a；chr1_24711557_a；chr1_31246482_a；chr1_105896364_c； chr1_124681987_a； chr2_1412841_t； chr2_23335062_c；chr2_52259102_g； chr2_65921385_c； chr2_71475197_g； chr2_85191439_t；chr2_124300927_a； chr3_4087599_t； chr3_14407329_a； chr3_26105771_t；chr3_55427066_a； chr3_78061863_g；chr3_87552482_g； chr3_99096014_g；chr3_108145282_a； chr4_4836875_t； chr4_20495918_t； chr4_101079315_c；chr4_110174839_a； chr5_9709308_a； chr5_22533448_a； chr5_65287220_a；chr5_73727319_t； chr5_88048914_g； chr5_110279515_t； chr6_3036971_a；chr6_15910001_c； chr6_24457821_a； chr6_83782657_c； chr6_98989641_t；chr6_107794933_t； chr7_6790961_c； chr7_13586605_c； chr7_23498422_t；chr7_86545391_g；chr8_3622765_c；chr8_16893876_a；chr8_70878100_t；chr8_90588981_a；chr8_98580941_g；chr9_24502054_a；chr9_77610735_g；chr9_86585759_t；chr9_95436365_a；chr10_10507992_g；chr10_98147463_c；chr11_1115977_c；chr11_7196081_g；chr11_22924094_t；chr11_72064153_a；chr11_98880506_c；chr12_684080_c；chr12_12156787_t；chr12_37011239_c；chr13_8875751_c；chr13_13918244_g；chr13_69392735_g；chr13_77454106_g；chr13_83094380_t；chr13_89846004_t；chr14_5279683_t；chr14_23975735_c；chr14_68126151_g；chr14_74583350_a；chr15_8687335_g；chr15_23754687_a；chr15_40670852_c；chr15_52881987_t；chr16_8130467_a；chr16_55859604_a；chr16_69033394_c；chr17_25427335_g；chr17_39194976_a；chr17_58004068_a；chr18_7859243_a；chr18_42574751_a；
45、与乳管数量相关的65个snp位点及其优势等位基因如下：
46、chr1_3828026_g；chr1_33236009_t；chr1_97506370_a；chr1_119815929_t；chr2_1091213_a；chr2_8935490_t；chr2_14396160_g；chr2_77534372_a；chr2_102109411_a；chr3_1960954_t； chr3_12089943_a； chr3_83776666_g； chr3_97633357_g；chr3_113093396_g； chr4_13812464_a； chr4_20075652_a； chr4_27655758_t；chr4_109783256_a； chr5_5014612_g； chr5_99903267_g； chr5_111330503_t；chr6_5034063_t；chr6_105804599_a；chr7_3136477_g；chr7_19002798_a；chr7_51574707_g；chr7_64866814_t；chr7_88082006_a；chr7_101803420_c；chr8_434205_t；chr8_6201463_t；chr8_99079868_g；chr9_18653960_c；chr9_91502195_g；chr10_5824840_c；chr10_27591981_a；chr10_90419402_a；chr11_678127_c；chr11_52683514_t；chr11_74555756_a；chr11_82668555_t；chr11_95071313_t；chr12_6899137_t；chr12_13341210_a；chr12_23601414_g；chr12_32544120_a；chr12_38908419_c；chr12_45440599_c；chr13_13255560_g；chr13_69350364_g；chr13_78200581_g；chr14_4002023_a；chr14_69200024_g；chr14_83285431_g；chr15_2986762_g；chr15_35180027_a；chr15_54447431_t；chr15_70990505_g；chr16_9976916_a；chr16_47328276_t；chr16_70631013_a；chr17_4332955_g；chr18_35440358_c；chr18_42439396_a；chr18_50817494_c。
47、本发明还提供所述的snp位点组合在橡胶树分子辅助育种中的应用，所述分子辅助育种基于橡胶树育种性状进行育种，所述橡胶树育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
48、本发明还提供一种用于检测所述的snp位点组合的探针。
49、本发明还提供所述的探针在橡胶树分子辅助育种中的应用，所述分子辅助育种基于橡胶树育种性状进行育种，所述橡胶树育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
50、本发明还提供所述的探针在制备用于检测所述的snp位点组合的液相基因芯片中的应用。
51、本发明还提供所述的探针在对橡胶树种质资源进行育种性状基因分型中的应用，所述育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
52、本发明还提供一种用于检测所述的snp位点组合的液相基因芯片，所述液相基因芯片含有一套用于检测如所述的snp位点组合的核苷酸探针。
53、本发明还提供所述的液相基因芯片在橡胶树分子辅助育种中的应用，所述分子辅助育种基于橡胶树育种性状进行育种，所述橡胶树育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
54、本发明还提供所述的液相基因芯片对橡胶树种质资源进行育种性状基因分型中的应用，所述育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
55、本发明公开了以下技术效果：
56、本发明所采用的298个snp位点与橡胶树的树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量等重要育种性状相关，其可应用于橡胶树的分子标记辅助育种工作中，通过测定橡胶树个体dna中这298个snp位点的基因型，快速分析种质资源，确定育种亲本材料中携带的优势等位基因，加快育种进程。此外，298个snp位点数量相对较少，不仅降低了基因型检测的成本，与全基因组的snp位点相比，更适用于大量样本的粗筛，且较全基因组的snp位点而言在对橡胶树育种的综合性状评估上更具优势。
1.一种与橡胶树育种性状相关的snp位点组合，其特征在于，包括298个snp位点，每个snp位点包含两个不同碱基的等位基因，用于检测该位点的等位基因变化，所述298个snp位点的物理位置是基于橡胶树野生种质mt/vb/25a 57/8的基因组序列比对确定的，所述橡胶树野生种质mt/vb/25a 57/8的基因组序列的版本号为asm3005281v1，所述298个snp位点的变异信息如下：所述snp位点的变异信息采用染色体编号_物理位置_参考基因型/等位基因型的形式进行表示：
2.权利要求1所述的snp位点组合在橡胶树分子辅助育种中的应用，其特征在于，所述分子辅助育种基于橡胶树育种性状进行育种，所述橡胶树育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
3.一种用于检测如权利要求1所述的snp位点组合的探针。
4.权利要求3所述的探针在橡胶树分子辅助育种中的应用，其特征在于，所述分子辅助育种基于橡胶树育种性状进行育种，所述橡胶树育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
5.权利要求3所述的探针在制备用于检测如权利要求1所述的snp位点组合的液相基因芯片中的应用。
6.权利要求3所述的探针在对橡胶树种质资源进行育种性状基因分型中的应用，其特征在于，所述育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
7.一种用于检测如权利要求1所述的snp位点组合的液相基因芯片，其特征在于，所述液相基因芯片含有一套用于检测如权利要求1所述的snp位点组合的核苷酸探针。
8.权利要求7所述的液相基因芯片在橡胶树分子辅助育种中的应用，其特征在于，所述分子辅助育种基于橡胶树育种性状进行育种，所述橡胶树育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
9.权利要求7所述的液相基因芯片对橡胶树种质资源进行育种性状基因分型中的应用，其特征在于，所述育种性状包括树皮厚度、耐寒性、茎围生产速率、胶乳产量和乳管数量。
